أكثر

شريحة الكثافة / شريحة اللون في QGIS؟


هل يمكنك عمل شرائح ألوان نقطية (كما في ENVI) في QGIS؟

بمعنى آخر. حيث يمكن تقسيم المدرج التكراري إلى وحدات منفصلة لتمثيل فئات مختلفة بناءً على قيم وحدات البكسل.


ضمن الخصائص> الأنماط ، يوجد إعداد استيفاء لوني يمكن تعيينه على "منفصل" ، مما يمنح الخريطة النقطية نوعًا أكثر من شكل مضلع متجه.


استخدام المسح بالليزر الأرضي لتوصيف المعلمات الهيكلية للأشجار وتغيراتها تحت إدارة مختلفة في غابات البحر الأبيض المتوسط ​​المفتوحة

المسح بالليزر الأرضي لتقدير قياسات الأشجار وعلاقاتها.

طريقة تعتمد على شريحة نقطة سحابة لتقدير القطر عند ارتفاع الثدي.

يكتشف المسح بالليزر متعدد الأوقات آثار التقليم والتخصيب.

كان للأشجار المقطوعة تغيرات أكبر في منطقة المظلة المتوقعة من أشجار التحكم.

نمت الأشجار المخصبة بالنيتروجين في الارتفاع مقارنة بالأشجار الضابطة.


الملخص

تم إعادة بناء علم الأحياء القديمة المكاني للممر البحري الداخلي الغربي بأكمله (WIS) خلال حدث نقص الأكسجين المحيطي Cenomanian-Turonian Oceanic Anoxic Event (OAE2) كميًا لأول مرة باستخدام أنظمة المعلومات الجغرافية. نماذج حدوث فورامينيفيرال - مشتقة من نظرية ديمبستر - شافر ومدفوعًا بمجموعات ضبابية من البيانات الطبقية والمكانية - تعكس توزيعات كتلة الماء خلال فترة وجيزة من الدوران الحيوي السريع والتغيرات الأوقيانوغرافية في عالم الدفيئة. تم تجميع البيانات المحلية لأربعة أنواع من الثقوب القاعية وواحدة من اللوح الخشبي والبيانات الصخرية والجيوكيميائية من المواقع الموزعة في جميع أنحاء نظام معلومات المنظمة من أربعة مناطق حيوية من الأمونويد لمراحل Cenomanian العليا والسفلى. من بين 14 معلمة بيئية مدرجة في مجموعة البيانات ، ارتبطت النسبة المئوية للطمي ، والنسبة المئوية الإجمالية للكربونات ، وبيئة الترسيب (أساسًا عمق الماء) بحدوث المعادن المثقوبة. تكشف نماذج الاعتقاد الاستقرائي ديمبستر-شافر لوقائع فورامينيفيرال عن مواقع الكتل المائية الشمالية والجنوبية المتوافقة مع نمط الدوران المحيطي المحيطي الذي ساد في الممر البحري خلال الحدث السينوماني / التوروني الحدودي. كانت واجهة خلط المياه في الجزء الجنوبي الغربي من نظام معلومات المنظمة مقصورة في الغالب على منطقة الزوايا الأربع بالولايات المتحدة ، بينما شملت منطقة تداخل المياه الشمالية والجنوبية منطقة أكبر بكثير على طول الهامش الشرقي ، حيث دخلت المياه الجنوبية من حين لآخر. المناطق الاستوائية. بالإضافة إلى أهميتها في العصر القديم المكاني ، تقدم هذه الدراسة منهجية كمية صارمة لتحليل بيانات حدوث الحفريات وتقييم درجة عدم اليقين وتحديد أولويات المناطق لجمع بيانات إضافية.


التنوع الجيني وهيكل المستوطنة والمعرضة لخطر الانقراض حور كاسبيكا في غابات الهيركان

حور قزوين (حور كاسبيكا Bornm.) نوع مستوطن من غابات الهيركان وتصنف على أنها مهددة بالانقراض في إيران. ومع ذلك ، هناك القليل من المعلومات حول التركيب الجيني للسكان من المجموعات المتبقية التي يمكن أن تدعم تطوير استراتيجية الحفظ المناسبة لهذا النوع. تم تصميم هذه الدراسة لفهم كيف أثرت العوامل البشرية والبيئية على نمط التنوع الجيني ل P. كاسبيكا. قمنا بأخذ عينات من 359 فردًا من 20 مجموعة. ومع ذلك ، بعد إزالة الكباش النسيلي ، تم حساب المعلمات الجينية لـ 314 شجرة باستخدام 14 علامة من الأقمار الصناعية الصغيرة. أظهرت تسعة مجموعات انخفاضًا كبيرًا في حجم السكان الفعال واختناق وراثي. معامل زواج الأقارب (Fهو) من 0.02 إلى 0.11 ، والزوج Fشارع من 0.018 إلى 0.224 ، مما يشير إلى مستوى منخفض إلى مرتفع من التمايز بين السكان. كان متوسط ​​نسبة المهاجرين منخفضة (0.008) ، وتم الكشف عن أن جبال البرز تشكل عائقًا رئيسيًا أمام التدفق الجيني بين P. كاسبيكا السكان في غابات الهيركان. أظهر تحليل المقاومة أن الارتفاع هو حاجز مهم لتدفق الجينات عبر النطاق الشرقي والغربي للأنواع. أظهر تحليل الهيكل وجود مجموعتين وراثيتين على الأقل ، في حين قدرت GENELAND عدد المجموعات بثلاث مجموعات. نقترح صيانة ثلاث وحدات إدارة طبيعية لتقليل مخاطر انقراض هذا النوع في المستقبل القريب.

هذه معاينة لمحتوى الاشتراك ، والوصول عبر مؤسستك.


التناقضات الجغرافية المكانية بين أنظمة الجزر الحاجزة الطبيعية والمتغيرة بشريًا: Core Banks و Ocracoke Island ، North Carolina ، الولايات المتحدة الأمريكية

تبحث هذه الدراسة في الاختلافات في الجيومورفولوجيا بين نظامين من أنظمة الجزر الحاجزة ، أحدهما يعتبر في حالة طبيعية أو طبيعية ، والآخر تم تغييره بشكل جيومورفولوجي بطريقة ما من قبل البشر. يتم تعريف التغيير هنا من خلال وجود جدار كثبان وقائي مستمر تم تصميمه وتركيبه على طول الشاطئ لوقف تآكل الجزيرة وحماية البنية التحتية الداخلية. على النقيض من البيئتين ، نركز على سؤال واحد: كيف يغير وجود جدار الكثبان الرملية الاستجابة المادية لنظام الجزيرة للقوى التي تفرض التغيير (مثل العواصف وارتفاع مستوى سطح البحر)؟ يتم قياس عرض الجزر ومواقع المحيطات والسواحل السليمة على طول سلسلة من المقاطع العرضية على الشاطئ في Core Banks وجزيرة Ocracoke ، وكلاهما عضو في البنوك الخارجية في ولاية كارولينا الشمالية. تعود المسوحات إلى منتصف القرن التاسع عشر حتى عام 2012. تم الاحتفاظ بأربعة استطلاعات للبنوك الأساسية ، وخمسة منها لجزيرة أوكراكوك. تشير النتائج إلى الاختلافات في الطابع الجيومورفي على طول كلا الجزيرتين. المزيد من البنوك الأساسية ضيقة مع وجود دليل على الإفراط في الغسل ونشاط الدخول. يقدم Ocracoke مزيدًا من الاستقرار والعرض والغسيل الزائد المحدود وعدم وجود مداخل. كشف الدليل يشير إلى ثلاث استنتاجات أساسية. أولاً: يبدو أن هناك حدًا أدنى للعرض تتأرجح حوله الجزيرة. ثانيًا ، أدى تراجع الخط الساحلي التفاضلي على طول جزيرة أوكراكوك إلى دوران في عكس اتجاه عقارب الساعة (CCW) على طول النصف الشمالي للجزيرة. أخيرًا ، يبدو أن الكثبان الرملية الواقية على طول أوكراكوك قد أبطأت معدل تراجع السواحل ، ودوران اتفاقية الأسلحة التقليدية المرصودة ، بأكثر من 40٪.

هذه معاينة لمحتوى الاشتراك ، والوصول عبر مؤسستك.


نتائج

كانت المحاذاة النهائية لـ COI و 16S 474 و 554 نقطة أساس على التوالي. أسفرت كل من العلامات عن عدد كبير نسبيًا من المواقع المتغيرة ، على التوالي 216 و 389. كان العدد الإجمالي للقراءات 4458392 للجينين. تم الاحتفاظ فقط بالأمبليونات التي تم الحصول على تغطية 3 بحد أدنى لها في التحليلات. تم تخزين هذه البيانات في Genbank (أرقام الانضمام: 16S: MN038347 إلى MN038393 COI: MN023233 إلى MN023316 انظر الجدول 1).

دعمت التحليلات الوراثية بشكل أحادي من كليد داخل المجموعة (الملحق S1). يشير استنتاجنا للعمر العقدي القائم على المعدل إلى أصل إشعاع غينيا الجديدة في العصر الأيوسيني (حوالي 41.1 ميا ، نطاق 95٪ من HPD: 25.3 & # x0201364.1 ميا).

نحدد هنا ثلاث واجهات رئيسية ، اثنتان منها بقوة (clade & # x003B1) ومدعومة بشكل معتدل (clade & # x003B2) ، بينما الكليد الثالث (clade & # x003B3 ، والذي يتضمن نوعين من جزر سوندا) ليس جيدًا -أيد. اقترح تحليل bPTP وجود 52 OTUs. يتم توزيع 52 سلالة منفصلة على النحو التالي: 13 في clade & # x003B1 ، و 34 في clade & # x003B2 وخمسة في clade & # x003B3 (الشكل 1). لا تتوافق أي من الكيانات مع الأجناس كما تم تعريفها مسبقًا وتحليلاتنا للتطور تدعم تعدد الأشكال في كلا الجنسين (نونوليدينز و ثيرولوس). فيما يتعلق بنتائج mPTP ، أكد فحص ملف سجل الاحتمالية المجمع الذي يلخص تحليلي MCMC المستقلين تقارب عمليات التشغيل. عندما يتم حساب كلا التشغيلين ، تم التعرف على 29 نوعًا بواسطة نموذج mPTP (انظر الأقواس في الشكل 1). ومع ذلك ، قبل اقتراح التغييرات المفترضة في منهجيات ثيرولوس المجموعة ، يجب فحص تعريف النسب في ضوء الصفات المورفولوجية. على سبيل المثال ، حددنا نوعًا واحدًا من التشكل على أنه & # x0201CBA1 & # x0201D استنادًا إلى شكل الخياشيم وحجمها وتلوين البطن تشير نتائجنا والتحليلات المجهرية اللاحقة إلى أن هذا التشكل سيتكون بالفعل من 7 (mPTP) إلى 8 (PTP) OTUs (الجدول) 1 الشكل 1).

شكل 1. كرونوجرام ثيرولوس clade كما تم استنتاجه من BEAST v.1.8.3 (Drummond et al. ، 2012) ، بعد تشذيب المجموعات الخارجية ، مع الإشارة إلى الاحتمالات الخلفية البايزية (BPPs) في كل عقدة. تُظهر النصائح السلالات المرتبطة بـ OTUs كما تم استنتاجه من تحليلات bPTP (Zhang et al. ، 2013). النصائح المجمعة بواسطة الأقواس الحمراء عبارة عن سلالات تم تجميعها في OTUs بواسطة تحليلات mPTP (Kapli et al. ، 2017). تتم الإشارة إلى التخصيص التصنيفي الحالي للأجناس باستخدام إطار ملون على يمين الشجرة. يظهر الوقت على طول المحور X (مع إشارة إلى العصور الجيولوجية في الجزء العلوي من الشكل). يتم عرض أحداث التشتت في كل فرع بين المناطق الجغرافية الحيوية كما هو مستدل من تحليل Bayesian Binary MCMC (Yu et al. ، 2015). يظهر فوق كل عقدة السياق الجغرافي لتباعد النسب (إما بالتناوب أو داخل نفس المنطقة). تمثل المستطيلات الزرقاء فوق العقد 95٪ نطاقات HPD (القيم المعطاة فقط للعقد ذات BPP & # x0003E 0.5). تمثل الألوان الموضحة على أطراف الشجرة المنطقة (المناطق) الجغرافية المقابلة للمناطق البيئية للمياه العذبة في غينيا الجديدة بعد Abell et al. (2008) ، حيث توجد الأنساب. تم توضيح المناطق أدناه على خريطة ، تم إنشاؤها باستخدام برنامج QGIS (فريق تطوير QGIS ، 2009). تظهر الكتل الرئيسية بقضبان عمودية على يمين الشجرة.

تصنيف جديد يعتمد على مجموعة من الأحرف المورفولوجية التي تحدد الحدود العامة قيد الإعداد وسيكون موضوع بحث قادم (M. Sartori ، بيانات غير منشورة). في غضون ذلك ، سوف نشير إلى الكليد ووحدات OTU الواردة في الشكل 1. باستثناء ثلاث وحدات OTU تحدث في منطقتين (على سبيل المثال ، 21 و 28 و 44 جميعها في clade & # x003B2) ، تم حصر جميع الأصناف في واحدة منطقة.

بالنسبة للتحليلات التالية ، من أجل تفضيل نهج الحد الأعلى لترسيم OTUs ، استخدمنا ناتج bPTP لأنه أنتج أكبر عدد من OTUs. استنتج التحليل الجغرافي البيولوجي 28 حدثًا تشتيتًا موزعة على النحو التالي: ستة في شريحة زمنية 40-23 ميا (تغطي جزءًا من الإيوسين الأوسط والعليا ، وأليغوسين) ، و 21 في الشريحة الزمنية 23-5 ميا (الميوسين) وواحد في الشريحة الزمنية 5- 0 Mya (الأشكال البليوسينية والرباعية 1 ، 2) & # x02014 نطاقات HPD 95٪ لكل عقدة مع BPP & # x0003E 0.5 موضحة في الشكل 1. من أجل الوضوح ، تأخذ الفقرة التالية في الاعتبار العقد & # x00027 متوسط ​​التواريخ ، ولكن يجب على المرء أن يضع في اعتباره أن هذه الأمور عرضة للشكوك. ربما نشأت Clade & # x003B1 في الساحل الشمالي لغينيا الجديدة (المنطقة B) في وقت ما عند الحدود بين Oligocene و Miocene ثم انتشرت لاحقًا شرقًا وغربًا في Vogelkop-Bomberoi (المنطقة A) و Maluku (المنطقة F) ، على التوالي ، مثل وكذلك شبه جزيرة بابوا (المنطقة هـ). واحد فقط من OTU ، SP3 ، نجح في استعمار سلسلة جبال غينيا الجديدة الوسطى (المنطقة C) من الساحل الشمالي لغينيا الجديدة (المنطقة B) خلال العصر البليوسيني. منطقة أسلاف واسعة الانتشار في شبه جزيرة بابوا وجنوب غرب غينيا الجديدة & # x02014Trans-Fly الأراضي المنخفضة (مناطق ED) يتم استنتاجها في أحدث سلف مشترك من clade & # x003B2 في وقت ما خلال Oligocene. تُظهر الطبقة الفرعية بما في ذلك SP14-17 (الشكل 1) دليلاً على وجود طريق تشتيت بين الساحل الشمالي لغينيا الجديدة (المنطقة B) وجنوب غرب غينيا الجديدة & # x02014 الأراضي المنخفضة Trans-Fly (المنطقة D) قبل إنشاء الجبل المركزي لغينيا الجديدة المدى (المنطقة ج) خلال العصر الميوسيني. لا تشكل OTUs المقيدة حاليًا في سلسلة الجبال الوسطى (المنطقة C) طبقة فرعية أحادية الخلية داخل clade & # x003B2 ، مما يشير إلى أحداث استعمار متعددة لهذه المنطقة من الساحل الشمالي لغينيا الجديدة (المنطقة B) وجنوب غرب غينيا الجديدة & # x02014Trans-Fly الأراضي المنخفضة (المنطقة D) وشبه جزيرة Papuan (المنطقة E) ، من العصر الميوسيني الأوسط فصاعدًا. الاختلاف الودي (يُشار إليه فيما بعد سينسو لاتو على سبيل المثال ، داخل منطقة جغرافية حيوية واحدة) داخل سلسلة جبال غينيا الوسطى الجديدة (المنطقة C) ، تم أيضًا استنتاجها ، خاصة في الطبقة الفرعية بما في ذلك SP40-42 (الشكل 1). أخيرًا ، يتضمن clade & # x003B3 جميع OTUs المسجلة في جزر Sunda (المنطقة G) ، والتي نشأت في وقت ما خلال Oligocene ومن المحتمل أن تكون مشتتة من جنوب غرب غينيا الجديدة & # x02014Trans-Fly الأراضي المنخفضة (المنطقة D).

الشكل 2. أحداث التشتت البيوجغرافية المستخلصة من تحليل Bayesian Binary MCMC Yu et al. (2015) لكل من الشرائح الزمنية الثلاث المدروسة: (أ) الأيوسين-أوليغوسين (ب) الميوسين و Pliocene-Pleistocene. تتوافق المناطق الجغرافية الحيوية مع المناطق البيئية للمياه العذبة في غينيا الجديدة (Abell et al. ، 2008) كما في الشكل 1. تمثل الأسهم المتقطعة التشتت من المناطق البعيدة جغرافيًا ، والتي قد تنطوي على تشتت الحجر المتدرج عبر المناطق البينية. يتناسب عرض السهم مع عدد أحداث التشتت (تتراوح بين 1 و 8 أحداث).

وجدنا 11 optiminal optima ، مع 23 تحولًا للارتفاع الأمثل. حدثت خمسة عشر من هذه التحولات خلال آخر 5 سنوات ، أي خلال عصور العصر البليوسيني والبليستوسيني (انظر الشكل 3).

الشكل 3. عدد التحولات القصوى المثلى لكل فواصل زمنية تبلغ 5 ملايين سنة ، كما هو محدد باستخدام حزمة & # x0201Csurface & # x0201D R.


مراجع

جاستون ، ك.ج.الأنماط العالمية في التنوع البيولوجي. طبيعة 405, 220–227 (2000).

مايرز ، إن ، ميترماير ، آر أ ، ميترماير ، سي جي ، دا فونسيكا ، جي إيه وأمبير كينت ، جي النقاط الساخنة للتنوع البيولوجي من أجل أولويات الحفظ. طبيعة 403, 853–858 (2000).

Rahbek ، C. دور النطاق المكاني وتصور أنماط ثراء الأنواع على نطاق واسع. ايكول. بادئة رسالة. 8, 224–239 (2004).

فيليند ، م. الجغرافيا الحيوية للجينات والأنواع للجزيرة. أكون. نات. 162, 358–365 (2003).

فيليند ، م. وآخرون. استخلاص الاستدلالات البيئية من الأنماط المتطابقة للتنوع البيولوجي على مستوى السكان والمجتمع. مول. ايكول. 23, 2890–2901 (2014).

Lamy، T.، Laroche، F.، David، P.، Massol، F. & amp Jarne، P. مساهمة ارتباطات التنوع الجيني بين الأنواع في فهم قواعد التجمع المجتمعي. Oikos. 126, 759–771 (2017).

Kahilainen، A.، Puurtinen، M. & amp Kotiaho، J. S. الآثار المترتبة على حفظ الأنواع - ارتباطات التنوع الجيني. الكرة الأرضية. ايكول. كونسيرف. 2, 315–323 (2014).

ثيل إجينتر ، سي. وآخرون. كسر المناطق في توزيع الأليلات والأنواع في نباتات جبال الألب. J. Biogeogr. 38, 772–782 (2010).

باسيلجا ، أ. وآخرون. يكشف الترميز الشريطي للحمض النووي للمجتمع بأكمله عن استمرارية مكانية وزمنية للتنوع البيولوجي على الأنواع والمستويات الجينية. نات. كومون. 4, 1892 (2013).

Múrria، C.، Rugenski، A. T.، Whiles، M.R & amp Vogler، A.P. العزلة طويلة المدى واستيطان الحشرات المائية المدارية الجديدة تحد من استجابات المجتمع للانخفاض الأخير في البرمائيات. الغواصون. توزيع. 21, 938–949 (2015).

Finn، D. S. & amp Leroy Poff، N. التباين والتقارب في المجتمعات القاعية على طول التدرجات الطولية لأربعة تيارات روكي ماونتين متشابهة ماديًا. فريشو. بيول. 50, 243–261 (2005).

Hughes، S. J.، Ferreira، T. & amp Cortes، R. U. I. V. الأنماط المكانية الهرمية ومحركات التغيير في مجتمعات اللافقاريات القاعية في نهر متوسطي متقطع. الحفظ المائية: مارس. Freshw. كيس بيئي. 18, 742–760 (2008).

Heino، J. & amp Mykrä، H. التحكم في مجاميع حشرات التدفق: أدوار التكوين المكاني والعوامل البيئية المحلية. ايكول. انتومول. 33, 614–622 (2008).

باتزر ، دي ، وأمبير بويكس ، د. اللافقاريات في الأراضي الرطبة في المياه العذبة: منظور دولي حول بيئتها. (سبرينغر ، 2016).

Schultheis، A. S.، Booth، J. Y.، Perlmutter، L.R، Bond، J.E & amp Sheldon، A.L. مول. ايكول. 21, 3325–3340 (2012).

Múrria، C.، Bonada، N.، Arnedo، M.A، Prat، N. & amp Vogler، A. P. تنوع أعلى و γ ‐ في الأنواع والمستويات الجينية في منابع المياه مقارنة بالتيارات ذات الترتيب المتوسط ​​في Hydropsyche (Trichoptera). فريشو. بيول. 58, 2226–2236 (2013).

Körner، C.، Paulsen، J. & amp Spehn، E.M. تعريف للجبال وأحزمة مناخية حيوية للمقارنات العالمية لبيانات التنوع البيولوجي. ألب بوتاني 121, 73 (2011).

Janzen، D.H. لماذا تكون الممرات الجبلية أعلى في المناطق المدارية. أكون. نات. 101, 233–249 (1967).

Rahbek ، C. التدرج التصاعدي لثراء الأنواع: نمط موحد؟ علم البيئة 18, 200–205 (1995).

Kozak، K.H & amp Wiens، J. J. يدفع التقسيم المناخي للاختلاف في خطوط العرض في آليات الانتواع. بروك. بيول. علوم. 274, 2995–3003 (2007).

جاثورن-هاردي ، إف جيه ، سيوكاني ، ديفيز ، آر جي ، إيجلتون ، بي آند جونز ، دي تي ملاجئ الغابات المطيرة الرباعية في جنوب شرق آسيا: استخدام النمل الأبيض (Isoptera) كمؤشرات. بيول. جيه لين. شركة لوند. 75, 453–466 (2002).

هيويت ، ج. الإرث الجيني للعصور الجليدية الرباعية. طبيعة 405, 907–913 (2000).

ماكورماك ، جي إي ، بيترسون ، إيه تي ، بوناكورسو ، إي أند سميث ، تي بي. الانتواع في مرتفعات المكسيك: الاختلاف الوراثي والنمط الظاهري في طائر القيق المكسيكي (أفيلوكوما أولترامارينا). مول. ايكول. 17, 2505–2521 (2008).

ماستريتا يانس ، أ. وآخرون. تسلسل الحمض النووي المرتبط بموقع التقييد وتقدير خطأ التنميط الجيني وتحسين التجميع الجديد للاستدلال الجيني للسكان. مول. ايكول. ريسور. 15, 28–41 (2014).

Morrissey، M.B & amp de Kerckhove، D. T. الحفاظ على الاختلاف الجيني بسبب التدفق الجيني غير المتماثل في الاستقلاب التغصني. أكون. نات. 174, 875–889 (2009).

Storfer، A.، Murphy، M. A.، Spear، S.F، Holderegger، R. & amp Waits، L. P. مول. ايكول. 19, 3496–3514 (2010).

Monaghan، M.T & amp Sartori، M. المساهمات الجينية في دراسة التصنيف ، والبيئة ، وتطور ذباب مايو (Ephemeroptera): مراجعة ووجهات نظر مستقبلية. أكوات. الحشرات 31, 19–39 (2009).

بريتين ، جي إي علم الأحياء من ذبابة مايو. Annu. القس Entomol. 27, 119–147 (1982).

إيتون ، D. A. R. PyRAD: تجميع مواقع de novo RADseq لتحليلات النشوء والتطور. المعلوماتية الحيوية 30, 1844–1849 (2014).

Papadopoulou، A.، Anastasiou، I. & amp Vogler، A. P. إعادة النظر في الساعة الجزيئية للميتوكوندريا الحشرية: معايرة خندق منتصف بحر إيجة. مول. بيول. Evol. 27, 1659–1672 (2010).

Monaghan، M. T.، Robinson، C. T.، Spaak، P. & amp Ward، J. V. تنوع اللافقاريات الكبيرة في تيارات جبال الألب المجزأة: الآثار المترتبة على حفظ المياه العذبة. أكوات. علوم. 67, 454–464 (2005).

Shimano، Y.، Juen، L.، Salles، F. F.، Nogueira، D. S. & amp Cabette، H. S.R. العمليات البيئية والمكانية التي تحدد هياكل Ephemeroptera (Insecta) في التيارات الاستوائية. آن. ليمنول. - كثافة العمليات. J. ليم. 49, 31–41 (2013).

شميت ، S. K. ، Hughes ، J.M & amp Bunn ، S. E. تدفق الجينات بين مجموعات محددة من Baetis sp. (Ephemeroptera): رحلة الكبار وانجراف اليرقات. شمال صباحا. بنتول. شركة 14, 147–157 (1995).

Kovats، Z.، Ciborowski، J. & amp Corkum، L. التشتت الداخلي للحشرات المائية البالغة. فريشو. بيول. 36, 265–276 (1996).

هوبل ، س. النظرية المحايدة الموحدة للتنوع البيولوجي والجغرافيا الحيوية (MPB-32). (مطبعة جامعة برينستون ، 2001).

قوه ، ك. وآخرون. الاختلاف العالمي في أنماط التنوع المرتفع. علوم. اعادة عد. 3, 3007 (2013).

Nogués-Bravo، D.، Araújo، M.B، Romdal، T. & amp Rahbek، C. تأثيرات النطاق وتأثير الإنسان على تدرجات ثراء الأنواع المرتفعة. طبيعة 453, 216–219 (2008).

Harrison، S.، Ross، S.J & amp Lawton، J.H Beta Diversity on Geographic Gradients in بريطانيا. J. انيم. ايكول. 61, 151 (1992).

Clarke، A.، Mac Nally، R.، Bond، N. & amp Lake، P. S. تنوع اللافقاريات الكبيرة في تيارات منابع المياه: مراجعة. فريشو. بيول. 53, 1707–1721 (2008).

جيليسبي ، آر جي وأمبير كلاج ، د. موسوعة الجزر. (مطبعة جامعة كاليفورنيا ، 2009).

ملاحظات ختامية. كولد سبرينج حرب. سيمب. كمية. بيول. 22, 415–427 (1957).

كيس ، T. J. & amp Gilpin ، M. E. منافسة التدخل والنظرية المتخصصة. بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 71, 3073–3077 (1974).

أورميرود ، إس ج. وآخرون. اتجاهات الارتفاع في الدياتومات ، الطحالب ، اللافقاريات الكبيرة وأسماك نظام النهر النيبالي. فريشو. بيول. 32, 309–322 (1994).

سورين ، أ.م.مجتمعات اللافقاريات الكبيرة للجداول في غرب نيبال: آثار الارتفاع واستخدام الأراضي. فريشو. بيول. 32, 323–336 (1994).

دادجون ، د. استجابات مجتمعات اللافقاريات القاعية للارتفاع والجيولوجيا في روافد نهر سيبيك (بابوا غينيا الجديدة): تأثير القرار التصنيفي على اكتشاف التدرجات البيئية: اللافقاريات الكبيرة في تيارات بابوا غينيا الجديدة. فريشو. بيول. 57, 1794–1812 (2012).

هينو ، ج. وآخرون. يكشف التحليل المقارن عن ضعف العلاقات بين العوامل البيئية وتنوع بيتا لمجتمعات حشرات التيار على مستويين مكانيين. ايكول. Evol. 5, 1235–1248 (2015).

Moritz، C.، Patton، J.L، Schneider، C.J & amp Smith، T.B. Diversification of Rainforest Faunas: An Integrated Molecular Approach. Annu. القس ايكول. النظام. 31, 533–563 (2000).

ديجسترا ، ك. B. ، Monaghan ، M. & amp Pauls ، S. U. التنوع البيولوجي للمياه العذبة وتنويع الحشرات المائية. Annu. القس Entomol. 59, 143–163 (2014).

Ogden، R. & amp Thorpe، R. S. الدليل الجزيئي للانتواع البيئي في الموائل الاستوائية. بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 99, 13612–13615 (2002).

Hall، J.PW. أنماط انتواع مونتاني في إيثوميولا الفراشات (Lepidoptera: Riodinidae): هل تتحرك باستمرار في العالم؟ بروك. بيول. علوم. 272, 2457–2466 (2005).

Vuataz، L.، Rutschmann، S.، Monaghan، M.T & amp Sartori، M. ريثروجينا (Ephemeroptera: Heptageniidae). BMC Evol. بيول. 16, 194 (2016).

Wiggins ، G. B. & amp Wichard ، W. Phylogeny of Pupation in Trichoptera ، مع مقترحات حول أصل الترتيب وتصنيفه الأعلى. شمال صباحا. بنتول. شركة 8, 260–276 (1989).

توسان ، إي. وآخرون. تكون الجبال الشاهقة في غينيا الجديدة بمثابة حافز للتنوع الضخم لمفصليات الأرجل. نات. كومون. 5, 4001 (2014).

Finn، D. S.، Blouin، M. S. & amp Lytle، D. A. يكشف التركيب الجيني للسكان عن الصلات الأرضية لحشرة تيار المياه. فريشو. بيول. 52, 1881–1897 (2007).

Finn، D. S.، Zamora-Muñoz، C.، Múrria، C.، Sáinz-Bariáin، M. & amp Alba-Tercedor، J. Baetis alpinus (Ephemeroptera) يمكن أن تفقد تنوعًا وراثيًا كبيرًا مع اختفاء الأنهار الجليدية في جبال الألب. فريشو. علوم. 33, 207–216 (2014).

جونز ، إيه دبليو وأمبير كينيدي ، آر إس.التطور في أرخبيل استوائي: يكشف علم الجغرافيا النسبية للحيوانات والنباتات الفلبينية عن أنماط معقدة من الاستعمار والتنويع. بيول. جيه لين. شركة لوند. 95, 620–639 (2008).

فانوت ، آر إل ، واين مينشال ، جي ، كامينز ، كيه دبليو ، سيدل ، جي آر أند كوشينج سي إي ، مفهوم النهر المستمر. تستطيع. J. فيش. أكوات. علوم. 37, 130–137 (1980).

ماير ، ج. وآخرون. مساهمة تيارات منابع المياه في التنوع البيولوجي في شبكات الأنهار 1. JAWRA J. Am. ريسور المياه. مساعد. 43, 86–103 (2007).

ويلكوك ، H. R. ، Bruford ، M.W ، Nichols ، R.A & amp Hildrew ، A.G. المناظر الطبيعية ، وخصائص الموائل والتركيب الجيني للسكان لاثنين من ذباب الظباء. فريشو. بيول. 52, 1907–1929 (2007).

Karr، J.R & amp Freemark، K.E Habitat Selection and Environmental Gradients: Dynamics in the "Stable" Tropics. علم البيئة 64, 1481–1494 (1983).

Whitlock، M.C & amp McCauley، D.E. بعض النتائج الجينية السكانية لتشكيل المستعمرات والانقراض: الارتباطات الجينية داخل المجموعات المؤسسة. تطور 44, 1717 (1990).

Townsend، C.R، Hildrew، A.G & amp Francis، J. بنية المجتمع في بعض التيارات الإنجليزية الجنوبية: تأثير العوامل الفيزيائية والكيميائية. فريشو. بيول. 13, 521–544 (1983).

Jacobsen ، D. ، Schultz ، R. & amp Encalada ، A. هيكل وتنوع تجمعات اللافقاريات: تأثير درجة الحرارة مع الارتفاع وخط العرض. فريشو. بيول. 38, 247–261 (1997).

جاكوبسن ، د. انخفاض ضغط الأكسجين كعامل دافع للانخفاض الطولي في ثراء الأصناف من اللافقاريات الكبيرة. أويكولوجيا 154, 795–807 (2008).

Herrmann، D. P.، Sites، R.W & amp Willig، M.R. تأثير السرعة الحالية على اختيار الطبقة التحتية بواسطة Naucoridae (Hemiptera): نهج تجريبي عبر محاكاة التدفق. بيئة. انتومول. 22, 571–576 (1993).

Voelz، N.J. & amp McArthur، J. V. المحافظة على التنوع البيولوجي 9, 1543–1570 (2000).

Barquín، J. & amp Death، R.G. الأنماط المكانية للتنوع اللافقاريات الكبيرة في نيوزيلندا سبرينغبروكس وتيارات الريثرال. شمال صباحا. بنتول. شركة 25, 768–786 (2006).

Heino، J. التنوع البيولوجي للحشرات المائية: التدرجات المكانية والارتباطات البيئية لمقاييس مستوى التجميع على نطاقات كبيرة. فريشو. القس. 2, 1–29 (2009).

Koperski ، P. تنوع المياه العذبة macrobenthos واستخدامها في التقييم البيولوجي: مراجعة نقدية للتطبيقات الحالية. بيئة. القس. 19, 16–31 (2011).

Vodă، R.، Dapporto، L.، Dincă، V. & amp Vila، R. علم البيئة 38, 405–409 (2014).

روتشمان ، س. وآخرون. استعمار وتنويع الحشرات المائية في ثلاثة أرخبيل ماكرون باستخدام 59 موقعًا نوويًا مشتقًا من مشروع الجينوم. مول. نسالة. Evol. 107, 27–38 (2017).

بوش ، م. ب. 48000 عام من تغير المناخ والغابات في منطقة التنوع البيولوجي الساخنة. علم 303, 827–829 (2004).

Rull، V. التنويع الحيوي في مرتفعات Guayana: اقتراح. J. Biogeogr. 32, 921–927 (2005).

نولز ، إل. وأمبير لاسي نولز ، إل. هل عززت تجمعات العصر الجليدي البليستوسيني الاختلاف؟ اختبارات نماذج الملاجئ الصريحة في الجنادب الجبلية. مول. ايكول. 10, 691–701 (2008).

Cadotte، M.W & amp Tucker، C. M. هل يجب التخلي عن التصفية البيئية؟ اتجاهات Ecol. Evol. 32, 429–437 (2017).

ويتاكر ، آر جيه ، فرنانديز بالاسيوس ، جيه إم ، ماثيوز ، تي جيه ، بوريجارد ، إم ك. علم 357 (2017).

ماك آرثر ، آر إتش ، وأمبير ويلسون ، إي. نظرية الجغرافيا الحيوية للجزيرة. (مطبعة جامعة برينستون ، 1967).

لاندا ، ف. ، سولدان ، ت. & أمبير تونر ، م. وقائع المؤتمر الدولي الرابع حول الزوالرا ، بيتشيني ، 4-10 سبتمبر 1983 (1984).

سارتوري ، م ثاليروسفيروس إيتون، 1881 (Insecta، Ephemeroptera، Heptageniidae، Ecdyonurinae) في جافا وسومطرة ، مع بعض التعليقات على تنوع الجنس في المملكة الشرقية. زوكيز 19–39 (2014).

McArdle ، B.H & amp Anderson ، M. J. تركيب النماذج متعددة المتغيرات لبيانات المجتمع: تعليق على تحليل التكرار القائم على المسافة. علم البيئة 82, 290 (2001).

كاتشن ، جيه ، هوهنلوه ، ب أ ، باشام ، إس ، أموريس ، إيه ، أمبير كريسكو ، دبليو إيه ستاكس: مجموعة أدوات تحليل للجينوميات السكانية. مول. ايكول. 22, 3124–3140 (2013).

أوكسانين ، أ. وآخرون. حزمة "نباتي". (2014).

Lu، H.-P.، Wagner، H. & amp Chen، X.-Y. نهج تنوع المساهمة لتقييم تنوع الأنواع. تطبيق أساسي. ايكول. 8, 1–12 (2007).

ماكيون ، ب. ، جريس ، ج. ب. وأوربان ، د. تحليل المجتمعات البيئية. (Mjm Software Design ، 2002).

Rognes، T.، Flouri، T.، Nichols، B.، Quince، C. & amp Mahé، F. VSEARCH: أداة مفتوحة المصدر متعددة الاستخدامات لعلم الجينات. بيرج 4، e2584 (2016).

ألتشول ، س. وآخرون. Gapped BLAST و PSI-BLAST: جيل جديد من برامج البحث في قواعد بيانات البروتين. الدقة الأحماض النووية. 25, 3389–3402 (1997).

Pritchard، J.K، Stephens، M. & amp Donnelly، P. الاستدلال على البنية السكانية باستخدام بيانات النمط الجيني متعدد التركيز. علم الوراثة 945–959 (2000).

Peakall، R. & amp Smouse، P. E. GenAlEx 6.5: التحليل الجيني في Excel. البرمجيات الجينية السكانية للتعليم والبحث - تحديث. المعلوماتية الحيوية 28, 2537–2539 (2012).

بوكيرت ، ر. وآخرون. BEAST 2: منصة برمجية للتحليل التطوري Bayesian. PLoS Comput. بيول. 10، e1003537 (2014).

Rambaut، A.، Suchard، M.A، Xie، D. & amp Drummond، A. J. Tracer v1.6، متاح من http://tree.bio.ed.ac.uk/software/tracer/ (2014).

Chifman، J. & amp Kubatko، L. الاستدلال الرباعي من بيانات SNP تحت نموذج الاندماج. المعلوماتية الحيوية 30, 3317–3324 (2014).

Swofford، D.L PAUP *: تحليل النشوء والتطور باستخدام البخل (* وطرق أخرى). الإصدار 4. سيناوير Assoc. سندرلاند ، ماساتشوستس ، الولايات المتحدة الأمريكية. 1–142 (2002).

Yu ، G. ، و Smith ، و D. K. ، و Zhu ، و H. ، و Guan ، و Y. & amp Lam ، T. T.-Y. ggtree: حزمة r للتصور والتعليقات التوضيحية لأشجار النشوء والتطور مع المتغيرات المشتركة والبيانات الأخرى المرتبطة بها. طرق Ecol. Evol. 8, 28–36 (2016).


الملخص

تعتبر غابة البحر الأبيض المتوسط ​​في وسط تشيلي "نقطة ساخنة للتنوع البيولوجي" وهي من بقايا التوزيع القديم الأوسع الناتج عن التذبذبات المناخية السابقة. Nothofagus macrocarpa، المعروف باسم "roble de Santiago" ، هو مستوطنة قديمة مهددة لهذه الغابة ، ممثلة بشكل ضعيف في نظام المناطق المحمية. تم التعرف على هذه الشجرة بشكل خاطئ على أنها من الأنواع الشقيقة N. أوليمكوا، مما أثر على الاعتراف بها وحمايتها. فقط عدد قليل من السكان ماكروكاربا تظل ضمن مصفوفة الاستخدام المكثف للأراضي التي تأثرت بحرائق الغابات الأخيرة. اختبرنا الفرضية القائلة بأن السكان الحاليين لـ ماكروكاربا هي حالة بقايا من نطاق واسع الانتشار سابقًا ، بهدف المساهمة في تحديدها وتاريخها الجغرافي البيولوجي وتصميم تدابير الحفظ باستخدام المعلومات الوراثية.

قمنا بتحليل البقية ماكروكاربا الغابات باستخدام متواليات نووية (nDNA) و DNA chloroplast (cpDNA) ، وأجرت تحليلات علم الوراثة والتطور الجغرافي لإعادة بناء تاريخها الجغرافي الحيوي ، وتقييم السواتل الصغيرة [تكرار التسلسل البسيط (SSRs)] لتحديد أنماط التنوع المعاصرة داخل وبين جميع المجموعات السكانية المتبقية. قمنا أيضًا بفحص درجة العزلة الماضية والحالية والمستقبلية المحتملة ماكروكاربا السكان الذين يستخدمون النماذج البيئية المتخصصة (ENMs).

الانواع ماكروكاربا تم تأكيده بواسطة متواليات nDNA ، كما اقترح سابقًا بواسطة تحليل الكروموسومات. مجموعات صغيرة معزولة من ماكروكاربا أظهر تنوعًا وراثيًا متوسطًا إلى مرتفع وفقًا لـ SSRs. كشف تحليل cpDNA عن بنية جغرافية خطية سابقة ملحوظة ، في حين أن تحليل SSRs لم يجد مثل هذا الهيكل الحالي. كشفت تحليلات ENM عن التوسع المحلي - الانكماش في ماكروكاربا النطاق خلال الفترات الأكثر دفئًا ، لا سيما في النطاقات الشمالية والوسطى حيث تم الكشف عن الأنماط الفردية القاعدية cpDNA والتوسع الأخير في جنوب التوزيع.

تؤكد الأنماط الجينية ذلك ماكروكاربا هو نوع متميز ويشير إلى هيكل بقايا عرضي ملحوظ في وحدتين هامتين تطوريًا على الأقل ، على الرغم من تدفق الجينات المعاصر بين السكان. يجب مراعاة هذه المعلومات عند اختيار الأفراد (البذور و / أو التكاثر) لأغراض الاستعادة ، لتجنب اختلاط المخزونات الجينية المتباينة.


حزم Debian GIS Workstation

AVCE00 هي مكتبة C ومجموعة من الأدوات التي تجعل Arcinfo (ثنائي) Vector Coverages يظهر كـ E00. يسمح لك بقراءة وكتابة التغطيات الثنائية كما لو كانت ملفات E00.

E00compr هي مكتبة ANSI C تقرأ وتكتب ملفات Arcinfo المضغوطة E00. يتم دعم كل من مستويات الضغط "جزئية" و "كاملة". ملفات E00 هي تنسيق استيراد / تصدير متجه لـ Arcinfo. إنه ASCII عادي ويقصد به تنسيق التبادل. تعتبر ESRI أن التنسيق ملكية ، لذلك قد لا تقرأ هذه الحزمة جميع ملفات E00 لأن ESRI قد يغير التنسيق.

هذه الحزمة مفيدة لاستيراد ملفات E00 إلى نظام GIS العشبي.

يحتوي على برنامج سطر أوامر e00conv ، والذي يأخذ ملف E00 كمدخل (مضغوط أم لا) وينسخه إلى ملف جديد بمستوى الضغط المطلوب (NONE أو PARTIAL أو FULL). لا يتم تضمين المكتبة في هذه المرحلة.

Epsilon هي مكتبة C لضغط الصور المنقوص على أساس Wavelet. من المعروف أن الضواغط التي تحركها الموجات أكثر فاعلية من الضواغط التقليدية القائمة على DCT (مثل JPEG).

في الوقت الحالي ، يدعم البرنامج حوالي 30 مرشحًا مويجًا مختلفًا ، يعمل بالتوازي في بيئات متعددة الخيوط و MPI ، ويمكنه معالجة الصور الضخمة وغير ذلك الكثير.

تحتوي هذه الحزمة على بعض الأدوات المفيدة لضغط / فك ضغط الصور.

GDAL هي مكتبة مترجم لتنسيقات البيانات الجغرافية المكانية النقطية. كمكتبة ، فإنها تقدم نموذج بيانات مجردة واحد لتطبيق الاستدعاء لجميع التنسيقات المدعومة. توفر مكتبة OGR ذات الصلة (التي توجد داخل شجرة مصدر GDAL) قدرة مماثلة لبيانات متجه الميزات البسيطة.

يدعم GDAL أكثر من 40 تنسيقًا شائعًا للبيانات ، بما في ذلك التنسيقات الشائعة الاستخدام (GeoTIFF و JPEG و PNG والمزيد) بالإضافة إلى تلك المستخدمة في حزم برامج GIS والاستشعار عن بُعد (ERDAS Imagine و ESRI Arc / Info و ENVI و PCI Geomatics) يدعم أيضًا العديد من تنسيقات الاستشعار عن بعد وتوزيع البيانات العلمية مثل HDF و EOS FAST و NOAA L1B و NetCDF و FITS.

تدعم مكتبة OGR تنسيقات المتجهات الشائعة مثل ESRI Shapefile و TIGER data و S57 و MapInfo File و DGN و GML والمزيد.

تحتوي هذه الحزمة على برامج أدوات مساعدة ، تستند إلى مكتبة GDAL / OGR ، وهي gdal_translate و gdalinfo و gdaladdo و gdalwarp و ogr2ogr و ogrinfo و ogrtindex.

GeographicLib is a small set of C++ classes for converting between geographic, UTM, UPS, MGRS, geocentric, and local cartesian coordinates, for geoid calculations, and for computing geodesic. It is a suitable replacement for the core functionality provided by NGA Geotrans.

This package contains some core tools based on the GeographicLib library.

GeoIP is a C library that enables the user to find the country that any IP address or hostname originates from. It uses a file based database.

This database simply contains IP blocks as keys, and countries as values and it should be more complete and accurate than using reverse DNS lookups.

This package contains the command line utilities to resolve the IP numbers using the GeoIP library.

This C library supports TIFF 6.0 based interchange format for georeferenced raster imagery. The GeoTIFF standard has been developed for reading, and writing geographic meta-information tags on top of TIFF raster.

The GeoTIFF library comes with two utility programs here included:

GMT is a collection of tools that allow users to manipulate (x,y) and (x,y,z) data sets (including filtering, trend fitting, gridding, projecting, etc.) and produce Encapsulated PostScript File (EPS) illustrations ranging from simple x-y plots through contour maps to artificially illuminated surfaces and 3-D perspective views in black and white, gray tone, hachure patterns, and 24-bit color.

GMT supports many common map projections plus linear, log, and power scaling, and comes with support data such as coastlines, rivers, and political boundaries.

A Tcl package that provides the means of creating and reading files in the ESRI Shapefile for keeping 2 or 3 dimensional points and polylines.

It was developed for use in GPSMan, a manager of GPS receiver data and is based on the shapelib module. Along with this package, gpstr2shp.c was also developed which translates GPStrans data files into Shapefile ones.

Grace is a point-and-click tool that allows the user to draw X-Y plots. This is the program formerly known as Xmgr.

A few of its features are: User defined scaling, tick marks, labels, symbols, line styles, colors, polynomial regression, splines, running averages, DFT/FFT, cross/auto-correlation, batch mode for unattended plotting, and hardcopy support for PostScript, FrameMaker and several image formats.

Other screenshots of package grace
VersionURL
1:5.1.22-10https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/7408/simage/large-f2bb08428f0d5fe91681fc3fac3d0291.png

Commonly referred to as GRASS, this is a Geographic Information System (GIS) used for geospatial data management and analysis, image processing, graphics/map production, spatial modeling, and visualization. GRASS is currently used in academic and commercial settings around the world, as well as by many government agencies and environmental consulting companies.

Install this virtual package to get a full GRASS system.

HDF5 (Hierarchical Data Format 5) is a file format for storing scientific data. These tools allow converting other formats to HDF5 and to visualize HDF5 files. They include:

  • h5topng, which extracts a 2d slice of an HDF5 file and outputs a corresponding image in PNG format
  • h5totxt, which extracts 2d slices and outputs comma-delimited text (suitable for import into a spreadsheet)
  • h5fromtxt, which converts simple text input into multi-dimensional numeric HDF5 datasets
  • h5fromh4, which converts HDF4 data to HDF5
  • h5tovtk, which converts HDF5 files to VTK files for visualization with VTK-aware programs

HDF is a multi-object file format for storing and transferring graphical and numerical data mainly used in scientific computing. HDF supports several different data models, including multidimensional arrays, raster images, and tables. Each defines a specific aggregate data type and provides an API for reading, writing, and organizing the data and metadata. New data models can be added by the HDF developers or users.

This package includes some basic utilities to view, pack, unpack, HDF files.

Hierarchical Data Format 5 (HDF5) is a file format and library for storing scientific data. HDF5 was designed and implemented to address the deficiencies of HDF4.x. It has a more powerful and flexible data model, supports files larger than 2 GB, and supports parallel I/O.

This package contains runtime tools for HDF5.

GDAL is a translator library for raster geospatial data formats. As a library, it presents a single abstract data model to the calling application for all supported formats. The related OGR library (which lives within the GDAL source tree) provides a similar capability for simple features vector data.

GDAL supports many popular data formats, including commonly used ones (GeoTIFF, JPEG, PNG and more) as well as the ones used in GIS and remote sensing software packages (ERDAS Imagine, ESRI Arc/Info, ENVI, PCI Geomatics). Also supported many remote sensing and scientific data distribution formats such as HDF, EOS FAST, NOAA L1B, NetCDF, FITS.

OGR library supports popular vector formats like ESRI Shapefile, TIGER data, S57, MapInfo File, DGN, GML and more.

This package contains the files needed to develop a software that will use the GDAL/OGR (headers, static objects, configuration script).

GDAL is a translator library for raster geospatial data formats. As a library, it presents a single abstract data model to the calling application for all supported formats. This extension provides access to GRASS data via GDAL.

This package provides the GDAL GRASS plugin.

One location on the globe, in any coordinate system. Geo::Point tries to hide the maths and the coordinate system in which the point is represented.

One of the most confusing things when handling geometrical data, is that sometimes latlong, sometimes xy are used: horizontal and vertical organization reversed. This package tries to hide this from your program by providing abstract accessors latlong(), longlat(), xy(), and yx().

This package provides the following modules:

  • Geo::Line - a sequence of connected points
  • Geo::Point - a point on the globe
  • Geo::Proj - simplified wrapper for Geo::Proj4
  • Geo::Shape - base class for 2-dimensional points on the earth surface
  • Geo::Space - A collection of various items
  • Geo::Surface - A surface description

GeographicLib is a small set of C++ classes for converting between geographic, UTM, UPS, MGRS, geocentric, and local cartesian coordinates, for geoid calculations, and for computing geodesic. It is a suitable replacement for the core functionality provided by NGA Geotrans.

This package contains the files used to develop applications that use the GeographicLib library.

JTS is a java library which provides:

  • an implementation of the spatial data model defined in the OGC Simple Features Specification for SQL (SFS)
  • a complete, consistent, implementation of fundamental 2D spatial algorithms
  • an explicit precision model, with algorithms that gracefully handle situations that result in dimensional collapse
  • robust implementations of key computational geometric operations
  • I/O in Well-Known Text format

libLAS is a C/C++ library for reading and writing ASPRS LAS versions 1.0, 1.1 and 1.2 data. The LAS format is a sequential binary format used to store data from sensors and as intermediate processing storage by some LiDAR-related applications. LiDAR (Light Detection and Ranging) is an optical remote sensing technology that measures properties of scattered light to find range and/or other information of a distant target. The prevalent method to determine distance to an object or surface is to use laser pulses.

This package contains the essential toolset to manage LiDAR data: lasinfo, lasmerge, las2las, las2txt, txt2las, las2ogr.

The Shapefile format is a working and interchange format promoted by ESRI for simple vector data with attributes. It is apparently the only file format that can be edited in ARCView 2/3, and can also be exported and imported in ArcGis.

This package includes the development files.

A mapcode represents a location. Every location on Earth can be represented by a mapcode. Mapcodes were designed to be short, easy to recognise, remember and communicate. They are precise to a few meters, which is good enough for every-day use. Locations in densely populated areas often get shorter mapcodes. See http://www.mapcode.com/

This package contains a command line utility that can convert to and from mapcodes.

Mapnik is an OpenSource C++ toolkit for developing GIS (Geographic Information Systems) applications. At the core is a C++ shared library providing algorithms/patterns for spatial data access and visualization.

Essentially a collection of geographic objects (map, layer, datasource, feature, geometry), the library doesn't rely on "windowing systems" and is intended to work in multi-threaded environments

This package contains miscellaneous utilities distributed with mapnik:

shapeindex: program to creates file system based index for ESRI shape-files

OGDI is the Open Geographic Datastore Interface. OGDI is an application programming interface (API) that uses a standardized access methods to work in conjunction with GIS software packages (the application) and various geospatial data products. OGDI uses a client/server architecture to facilitate the dissemination of geospatial data products over any TCP/IP network, and a driver-oriented approach to facilitate access to several geospatial data products/formats.

This package contains some useful tools based on the OGDI library

Chart Plotter and Navigational software program for use underway or as a planning tool. Developed by a team of active sailors using real world conditions for program testing and refinement. By default supports raster and vector formats like BSB and S63. Support for many other formats are available in plugins. Other plugins provides support for e. g., AIS, radar and weather maps. Application has language support in 20+ languages.

This package contains programs, libraries and some support files.

A portable, high level graphics toolkit for the development of high performance graphics applications such as flight simulators, games, virtual reality or scientific visualization. Providing an object orientated framework on top of OpenGL, it frees the developer from implementing and optimizing low level graphics calls, and provide many additional utilities for rapid development of graphics applications.

This package contains utilities and examples (binaries).

osgEarth is a scalable terrain rendering toolkit for OpenSceneGraph (OSG), an open source, high performance, 3D graphics toolkit. Just create a simple XML file, point it at your imagery, elevation, and vector data, load it into your favorite OSG application, and go! osgEarth supports all kinds of data and comes with lots of examples to help you get up and running quickly and easily.

This package contains binaries.

Open Source Software Image Map (OSSIM) is a high performance engine for remote sensing, image processing, geographical information systems and photogrammetry. It has been actively developed since 1996.

Designed as a series of high performance software libraries, it is written in C++ employing the latest techniques in object-oriented software design.

The library provides advanced remote sensing, image processing, and geo-spatial functionality. A quick summary of OSSIM functionality includes ortho-rectification, precision terrain correction, rigorous sensor models, very large mosaics, and cross sensor fusions, a wide range of map projections and datums, and a large range of commercial and government data formats. The architecture of the library supports parallel processing with mpi (not enabled), a dynamic plugin architecture, and dynamically connectable objects allowing rapid prototyping of custom image processing chains.

This package includes core tools that use the OSSIM library to perform some basic tasks.

PDAL is a BSD licensed library for translating and manipulating point cloud data of various formats. PDAL can be used to read, write and translate point cloud data in many formats. Support is included for input files of LAS, LAZ, SBET, BPF, QFIT and others. PDAL can also read from and write to databases that support point cloud storage, including Oracle, Postgres and SQLite.

PDAL should not be confused with PCL (Point Cloud Library). PCL is a library specifically designed to provide algorithmic analysis and modification of point clouds. PDAL provides a limited interface to the facilities of PCL, but does not in general attempt to duplicate its capabilities.

This package contains the PDAL utilities.

Pktools is a collection of programs to perform operations, mostly on raster geolocated images. It heavily relies on the Geospatial Data Abstraction Library (GDAL) and OGR. The programs are similar to the GDAL tools (gdalinfo, gdal_translate, gdal_merge, . ) and some of the functionalities provided in pktools already exist in the GDAL tools.

All utilities in pktools use command line options and have a built in help. They include more than thirty binaries to edit, change, crop, classify, compare, dump, fill, enhance images and many other common operations useful in the remote sensing field of image analysis.

PostGIS adds support for geographic objects to the PostgreSQL object-relational database. In effect, PostGIS "spatially enables" the PostgreSQL server, allowing it to be used as a backend spatial database for geographic information systems (GIS), much like ESRI's SDE or Oracle's Spatial extension. PostGIS follows the OpenGIS "Simple Features Specification for SQL".

This package contains the PostGIS userland binaries for importing and exporting shape and raster files: pgsql2shp, raster2pgsql, and shp2pgsql.

This script performs a network and time efficient comparison or synchronization of two possibly large tables on two PostgreSQL database servers, so as to detect inserted, updated or deleted tuples between these tables.

pprepair (planar partition repair) takes a set of polygons and ensures that they form a valid planar partition, made of valid polygons and having no gaps or overlaps. It can be used as a validator, telling of problems in individual polygons or in the planar partition, and also as an automatic repair tool, outputting a set of polygons that do form a valid planar partition.

prepair permits you to easily repair "broken" GIS polygons, and that according to the international standards ISO 19107. In brief, given a polygon stored in WKT, it automatically repairs it and gives you back a valid WKT. Automated repair methods can be considered as interpreting ambiguous or ill-defined polygons and giving a coherent and clearly defined output.

Proj and invproj perform respective forward and inverse transformation of cartographic data to or from Cartesian data with a wide range of selectable projection functions (over 100 projections).

Geod and invgeod perform geodesic (Great Circle) computations for determining latitude, longitude and back azimuth of a terminus point given a initial point latitude, longitude, azimuth and distance (direct) or the forward and back azimuths and distance between an initial and terminus point latitudes and longitudes (inverse).

This package provides the PROJ binary tools.

This library contains functions for handling affine transformations of the plane.

It can be used in georeferenced datasets to transfer image to world coordinates.

This is the Python 2 version of the library.

Descartes allows the usage of geometric objects as matplotlib paths and patches.

This is the Python 2 version of the library.

Fiona is a Python wrapper around the OGR vector data abstraction library. Fiona is designed to be simple and dependable. It focuses on reading and writing data in standard Python IO style and relies upon familiar Python types and protocols such as files, dictionaries, mappings, and iterators instead of classes specific to OGR. Fiona can read and write real-world data using multi-layered GIS formats and zipped virtual file systems and integrates readily with other Python GIS packages such as pyproj, Rtree, and Shapely.

This package provides the Python 2 API

GDAL is a translator library for raster geospatial data formats. As a library, it presents a single abstract data model to the calling application for all supported formats. The related OGR library (which lives within the GDAL source tree) provides a similar capability for simple features vector data.

GDAL supports 40+ popular data formats, including commonly used ones (GeoTIFF, JPEG, PNG and more) as well as the ones used in GIS and remote sensing software packages (ERDAS Imagine, ESRI Arc/Info, ENVI, PCI Geomatics). Also supported many remote sensing and scientific data distribution formats such as HDF, EOS FAST, NOAA L1B, NetCDF, FITS.

OGR library supports popular vector formats like ESRI Shapefile, TIGER data, S57, MapInfo File, DGN, GML and more.

This package contains Python bindings for GDAL/OGR library and a set of additional command line tools.

This package is a utility library to work with geospatial links. It is an implementation of the Cat-Interop work described at https://wiki.osgeo.org/wiki/Cat-Interop

This package provides the Python 2 version of the library.

GeoPandas is a project to add support for geographic data to pandas objects. It currently implements GeoSeries and GeoDataFrame types which are subclasses of pandas.Series and pandas.DataFrame respectively. GeoPandas objects can act on shapely geometry objects and perform geometric operations.

GeoPandas geometry operations are cartesian. The coordinate reference system (crs) can be stored as an attribute on an object, and is automatically set when loading from a file. Objects may be transformed to new coordinate systems with the to_crs() method. There is currently no enforcement of like coordinates for operations, but that may change in the future.

This package contains the Python 2 version of the library.

Mapnik is an OpenSource C++ toolkit for developing GIS (Geographic Information Systems) applications. At the core is a C++ shared library providing algorithms/patterns for spatial data access and visualization.

Essentially a collection of geographic objects (map, layer, datasource, feature, geometry), the library doesn't rely on "windowing systems" and is intended to work in multi-threaded environments

This package contains the bindings for Python 2.

PDAL is a BSD licensed library for translating and manipulating point cloud data of various formats. PDAL can be used to read, write and translate point cloud data in many formats. Support is included for input files of LAS, LAZ, SBET, BPF, QFIT and others. PDAL can also read from and write to databases that support point cloud storage, including Oracle, Postgres and SQLite.

PDAL should not be confused with PCL (Point Cloud Library). PCL is a library specifically designed to provide algorithmic analysis and modification of point clouds. PDAL provides a limited interface to the facilities of PCL, but does not in general attempt to duplicate its capabilities.

This package contains the PDAL extension for Python 2.

PROJ performs cartographic transformations between geographic (lat/lon) and map projection (x/y) coordinates. It can also transform directly from one map projection coordinate system to another.

This is a Python binding to PROJ, it can receive coordinates as numpy arrays, Python arrays, lists or scalars. This module is optimized for numpy arrays.

PySAL is an open source library of spatial analysis functions written in Python intended to support the development of high level applications.

It is important to underscore what PySAL is, and is not, designed to do. First and foremost, PySAL is a library in the fullest sense of the word. Developers looking for a suite of spatial analytical methods that they can incorporate into application development should feel at home using PySAL. Spatial analysts who may be carrying out research projects requiring customized scripting, extensive simulation analysis, or those seeking to advance the state of the art in spatial analysis should also find PySAL to be a useful foundation for their work.

End users looking for a user friendly graphical user interface for spatial analysis should not turn to PySAL directly. Instead, they should consider projects like STARS and the GeoDaX suite of software products which wrap PySAL functionality in GUIs. At the same time, it's expected that with developments such as the Python based plug-in architectures for QGIS, GRASS, and the toolbox extensions for ArcGIS, that end user access to PySAL functionality will be widening in the near future.


Cranial variation in geographically widespread dwarf gerbil Gerbillus nanus (Gerbillinae, Rodentia) populations: Isolation by distance versus adaptation to local environments

Bader H. Alhajeri, Department of Biological Sciences, Kuwait University, Safat 13060, Kuwait.

Department of Biological Sciences, Kuwait University, Safat, Kuwait

Bader H. Alhajeri, Department of Biological Sciences, Kuwait University, Safat 13060, Kuwait.

Abstract

The dwarf gerbil (Gerbillus nanus) is broadly distributed in Asia, with a range that encompasses altitudinally diverse terrain, including two major mountain ranges. Previous studies have shown this species to be generally varied across its geographic range, both genetically and morphologically. Physical barriers (e.g. mountains) and geographic distance (i.e. isolation by distance [IBD]) are expected to reduce dispersal rates, and consequently could lead to cranial morphological differentiation among populations. Adaptation to local environments is also expected to lead to cranial morphological differentiation among populations. Here, I test these hypotheses by examining variation in cranial shape and size across the geographic distribution of G. nanus using geometric morphometric analysis. Based on a sample of 473 specimens from throughout its distribution, G. nanus populations do not seem to show biologically meaningful variation in cranial shape. Cranial size, on the other hand, did show geographic variation—yet, this variation does not seem to show strong patterns of IBD nor adaptation to local environments, which could indicate that the geographic variation in the cranial size of G. nanus populations may be accounted for by factors unexamined in this study.

Please note: The publisher is not responsible for the content or functionality of any supporting information supplied by the authors. Any queries (other than missing content) should be directed to the corresponding author for the article.


شاهد الفيديو: QGIS Geoprocessing: INTERSECTION tool explained in Simple Way (شهر اكتوبر 2021).