أكثر

لن يؤدي استيراد ملف CSV ببيانات csvt في QGIS (2.8) إلى تعيين النوع "تاريخ" للحقول


لدي مجموعة بيانات (بتنسيق CSV) وأحاول إضافة عدة حقول بمعلومات التاريخ ، حتى أتمكن من تصفية النقاط بناءً على هذه البيانات وإنشاء خرائط (في QGIS 2.8) والتي ستشكل سلسلة كرونولوجية. لتحقيق ذلك ، قمت بما يلي:

  • لقد أخذت ملف CSV الأصلي الخاص بي وأضفت أربعة حقول (انظر أدناه للحصول على ملف CSV النهائي ، بيانات التاريخ موجودة في الأعمدة 12-15 ، بعنوان جائزة 1-4).
  • كانت البيانات في الأصل بتنسيق YYYY-DD-MM ، لذلك استخدمت أداة سطر الأوامر csvfix سهلة الاستخدام لتعيين جميع البيانات لتكون تنسيق ISO (YYYY-MM-DD).
  • لمرافقة ملف CSV ، قمت بإنشاء ملف CSVT ، بنفس الاسم والمسار لمرافقة ملف CSV الخاص بي ، باتباع الإرشادات الموجودة في منشور المدونة المرتبط بانتظام بواسطة Anita Graser ومستندات GDAL ذات الصلة ، لذلك يستخدم CSVT الأنواع التالية فقط ، "سلسلة" ، "عدد صحيح" ، "حقيقي" ، "تاريخ" (الرابع هو المهم)
  • لقد اتبعت أيضًا الاقتراح المفيد في هذا الموضوع من قبل Underdark / Kristen لاستخدام textwrangler للتأكد من أن الأحرف قياسية ، وإزالة السطر الثاني وتحويل علامات الاقتباس الذكية حل مشكلة في QGIS مع الاستيراد.

بعد اتباع هذه الخطوات ، يتم استيراد ملف CSV الخاص بي بشكل جيد في QGIS باستخدام "إضافة طبقة نص محددة" ، ولكن الطبقة تحتوي فقط على Real (مثل "Double") و Int و String (مثل "Text") ، مع عرض حقول التاريخ كـ "String" " كذلك. أرغب في استيراد ملف CSV هذا إلى QGIS مع حقول التاريخ هذه كنوع بيانات "التاريخ" في QGIS حتى أتمكن من تشغيل الاستعلامات عليها. أود أيضًا التمسك بـ CSV كتنسيق حيث سيتم وضع هذه البيانات في مستودع مفتوح في النهاية وأود أن يتمكن المستخدمون الآخرون من عرض البيانات بدون QGIS ، ولكن يمكنهم أيضًا استيرادها بسهولة نسبيًا إلى المشاريع الخاصة.

هل أنجز مستخدم آخر هذا في QGIS ، وأكثر من ذلك ، ما هي الخطوة التي أفتقدها هنا لجعل هذه الحقول تستورد بشكل صحيح كنوع بيانات حقل "التاريخ".

عينات البيانات كالتالي:

مواقع ECS-GIS_2.4.csvt:

"حقيقي" ، "حقيقي" ، "عدد صحيح" ، "سلسلة" ، "سلسلة" ، "سلسلة" ، "سلسلة" ، "سلسلة" ، "سلسلة" ، "سلسلة" ، "عدد صحيح" ، "حقيقي" ، "التاريخ "،" التاريخ "،" التاريخ "،" التاريخ "،" سلسلة "،" سلسلة "،" سلسلة "،" سلسلة "،" سلسلة "

ECS-GIS-Locations_2.4.csv (الأسطر القليلة الأولى):

"X" ، "Y" ، "رمز الدقة" ، "الرمز البريدي" ، "معرف فريد" ، "الاسم" ، "الشبكة" ، "الفئة" ، "الملاحظات" ، "الموقع الإلكتروني" ، "الجوائز" ، "رمز- الحجم 2 "،" جائزة 1 "،" جائزة 2 "،" جائزة 3 "،" جائزة 4 "،" التنوع البيولوجي للحياة البرية "،" شمسي "،" تاريخ الإنشاء "،" عنوان URL لثقة الكنائس "،" مرجع نظام التشغيل "" 349344.8977 "، 1053019.497 "،" 2 "،" KW17 2BU "،" 2203 "،" St. Ann's، Papa Westray "،" جزر أوركني "،" C of S "،" "،" "،" 4 "،" 3 "، "2003-10-09" ، "2006-08-19" ، "2009-07-07" ، "2013/11/01" ، "" ، "x" ، "1841" ، "http: // www. scotlandschurchestrust.org.uk/church/st-anns-papa-westray"،"HY495516 "" 345691 "،" 1046915 "،" 3 "،" KW17 2DB "،" 2202 "،" Westray Church "،" Orkney Islands " ، "C of S" ، "" ، "" ، "4" ، "3" ، "2003-10-09" ، "2006-08-19" ، "2009-07-08" ، "2013-07- 01 "،" "،" "،" 1846 "،" http://www.scotlandschurchestrust.org.uk/church/westray-parish-kirk "،" HY457462 "" 272400.702 "،" 655262.3425 "،" 2 "، "ML3 7DT"، "2801"، "St John's Church Of Scotland، Hamilton"، "South Lanarkshire"، "C of S"، ""، "http://www.stjohnshamilton.org.uk"، "3" ، "2.5" ، "2003-05-01" ، "2006-03-05" ، "2009-07-09" ، "" ، "" ، "" ، "1835" ، "http: //www.scotlandschurchestrust .org.u ك / الكنيسة / سانت-جونز-تشيرش-هاملتون "،" NS724553 "

يجب أن يكون السبب في مكان ما في QGIS أو في إصدار GDAL الذي يستخدمه. يعطيني الاستخدام المباشر لـ GDAL v.2.0-dev النتيجة المتوقعة:

ogrinfo ECS-GIS-Locations_2.4.csv -al INFO: تم فتح "ECS-GIS-Locations_2.4.csv" باستخدام برنامج التشغيل "CSV" بنجاح. اسم الطبقة: ECS-GIS-Locations_2.4 الهندسة: لا شيء عدد الميزات: 3 طبقات SRS WKT: (غير معروف) X: Real (0.0) Y: Real (0.0) رمز الدقة: عدد صحيح (0.0) الرمز البريدي: سلسلة (0.0) فريد -id: String (0.0) name: String (0.0) network: String (0.0) ؛ الفئة: String (0.0) notes: String (0.0) website: String (0.0) Awards: Integer (0.0) icon-size2: Real (0.0) ) الجائزة 1: التاريخ (0.0) الجائزة 2: التاريخ (0.0) الجائزة 3: التاريخ (0.0) الجائزة 4: التاريخ (0.0) التنوع البيولوجي للحياة البرية: السلسلة (0.0) الشمسية: السلسلة (0.0) تاريخ الإنشاء: السلسلة (0.0) عنوان URL للثقة في الكنائس : String (0.0) OS ref: String (0.0) OGRFeature (ECS-GIS-Locations_2.4): 1 X (Real) = 349344.8977 Y (Real) = 1053019.497 كود الدقة (عدد صحيح) = 2 رمز بريدي (سلسلة) = KW17 2BU unique-id (String) = 2203 name (String) = St. Ann's، Papa Westray network (String) = Orkney Islands الوسيطة (String) = C of S notes (String) = website (String) = Awards (Integer) = 4 icon-size2 (حقيقي) = 3 جائزة 1 (التاريخ) = 2003/10/09 الجائزة 2 (التاريخ) = 2006/08/19 الجائزة 3 (التاريخ) = 2009/07/07 الجائزة 4 (D ate) = 2013/11/01 wildlife-bilife (String) = solar (String) = x date-built (String) = 1841 كنائس تثق في URL (String) = http://www.scotlandschurchestrust.org.uk/church/ مرجع نظام التشغيل st-anns-papa-westray (سلسلة) = HY495516

يوجد خياران لتحميل ملفات .csv في QGIS:

1_ "إضافة طبقة نص محددة" 2_ "إضافة طبقة متجهة"

إذا كنت تقوم بتحميل ملف .csv بامتداد .csvt ، فيجب عليك القيام بذلك باستخدام "إضافة طبقة متجهة"


المعلمات الاختيارية في البرامج النصية لمعالجة QGIS ونماذج أمبير

تذكر الأوقات القديمة الجيدة عندما كانت جميع المعلمات في المعالجة إلزامية؟

يتم تحديد المدخلات والمخرجات ، ولا يتم دعم المعلمات أو المخرجات الاختيارية. [Graser & amp Olaya، 2015]

منذ QGIS 2.14 ، لم يعد هذا هو الحال. يمكن أن تحتوي البرامج النصية والنماذج الآن على معلمات اختيارية. إليك كيفية استخدام QGIS 3:

عند تحديد معلمة برنامج نصي معالجة ، تأخذ المعلمة & # 8217s المُنشئ علامة منطقية تشير إلى ما إذا كان يجب أن تكون المعلمة اختيارية. & # 8217s خطأ افتراضيًا:

إحدى الأدوات القياسية التي تستخدم المعلمات الاختيارية هي إضافة حقل تدريجي تلقائي:

من Python ، يمكن استدعاء هذه الخوارزمية مع أو بدون المعلمات الاختيارية:

عند بناء نموذج ، يمكن تعيين إدخال اختياري للمعامل الاختياري. لإنشاء إدخال اختياري ، تأكد من إلغاء تنشيط ملف إلزامي مربع الاختيار في الجزء السفلي من تعريف معلمة الإدخال:

ثم يمكن استخدام هذا الإدخال الاختياري في الخوارزمية. على سبيل المثال ، هنا المدخلات العددية اختياري_قيمة يتم تمريره إلى تبدأ القيم في معامل:

يمكنك الوصول إلى جميع المدخلات المتاحة بالنقر فوق الزر & # 8230 بجوار ملف تبدأ القيم في مجال. في هذا المثال ، يمكنني الوصول إلى قيم طبقة الإدخال بالإضافة إلى القيمة الاختيارية:

بمجرد إعداد هذا ، هكذا يبدو عند تشغيل النموذج:

يمكنك أن ترى أن القيمة الاختيارية هي بالفعل غير مضبوط.


لن يؤدي استيراد ملف CSV ببيانات csvt في QGIS (2.8) إلى تعيين النوع & ldquodate & rdquo إلى الحقول - أنظمة المعلومات الجغرافية

كارب ، بيتر دي بالي ، سوزان روميرو ، بيدرو

تتطلب المعلوماتية الحيوية أدوات برمجية قابلة لإعادة الاستخدام لإنشاء قواعد بيانات نموذج الكائنات الحية (MODs). أدوات Pathway هي بيئة برامج قابلة لإعادة الاستخدام وجودة الإنتاج لإنشاء نوع من MOD يسمى قاعدة بيانات Pathway / Genome (PGDB). يدمج PGDB مثل EcoCyc (انظر http://ecocyc.org) فهمنا المتطور للجينات والبروتينات وشبكة التمثيل الغذائي والشبكة الجينية للكائن الحي. تقدم هذه الورقة نظرة عامة على المكونات الأربعة الرئيسية لأدوات المسار: يدعم مكون PathoLogic إنشاء PGDBs جديدة من الجينوم المشروح للكائن الحي. يوفر Pathway / Genome Navigator خدمات الاستعلام والتصور والنشر على الويب لـ PGDBs. يدعم محررو Pathway / Genome التحديث التفاعلي لـ PGDBs. تحدد أنطولوجيا أدوات المسار مخطط PGDBs. تستخدم أدوات المسار نظام قاعدة بيانات كائن Ocelot لخدمات إدارة البيانات لـ PGDBs. تم استخدام أدوات المسار لبناء PGDBs لـ 13 كائنًا داخل SRI ومن قبل المستخدمين الخارجيين.

أولبريتش ، نوربرت مانفريد فولدن ، توماس ر.

تم تنفيذ واجهة مستخدم سهلة الاستخدام في أداة تحليل انحدار مؤتمتة للغاية. تم تطوير واجهة المستخدم منذ البداية لتعمل على أجهزة الكمبيوتر التي تستخدم نظام التشغيل Windows أو Macintosh أو Linux أو UNIX. تم تصميم العديد من ميزات واجهة المستخدم خصيصًا بحيث يمكن للمستخدم المبتدئ أو عديم الخبرة تطبيق أداة تحليل الانحدار بثقة. لذلك ، يقلل تصميم واجهة المستخدم المدخلات التفاعلية من المستخدم. بالإضافة إلى ذلك ، يتم تعيين مجموعات افتراضية معقولة لإعدادات التحليل التي تؤثر على نتيجة تحليل الانحدار. ستؤدي هذه المجموعات الافتراضية إلى نتيجة تحليل انحدار ناجحة لمعظم مجموعات البيانات التجريبية. تأتي واجهة المستخدم في نسختين. يتم استخدام إصدار واجهة المستخدم النصية للتطوير المستمر لأداة تحليل الانحدار. من ناحية أخرى ، يحتوي الإصدار الرسمي لأداة تحليل الانحدار على واجهة مستخدم رسومية أكثر كفاءة في الاستخدام. تعرض واجهة المستخدم الرسومية هذه جميع أسماء ملفات الإدخال وأسماء ملفات الإخراج وإعدادات التحليل لوضع تطبيق برمجي معين على شاشة واحدة مما يجعل من السهل إنشاء نتائج تحليل موثوقة وإجراء دراسات معلمات الإدخال. تم استخدام نهج وجوه المنحى لتطوير واجهة المستخدم الرسومية. يحافظ هذا الاختيار على تكاليف صيانة البرامج المستقبلية إلى حد معقول. تمت مناقشة أمثلة لكل من واجهة المستخدم النصية وواجهة المستخدم الرسومية لتوضيح نهج التصميم العام لواجهة المستخدم.

كولانجيلو ، كريستوفر إم تشونغ ، ليزا بروس ، كان تشيونغ ، كي هوي

المراقبة الانتقائية أو متعددة التفاعلات (SRM / MRM) هي طريقة كروماتوجرافيا سائلة (LC) / قياس طيف الكتلة الترادفية (MS / MS) التي تمكن من تحديد كمية بروتينات معينة في عينة من خلال تحليل أيونات السليفة وشظايا أيوناتها المختارة الببتيدات التريبتيكية. تقدم برنامج الأجهزة إلى النقطة التي يمكن فيها قياس آلاف الانتقالات (أزواج من قيم m / z الأولية والثانوية) في أداة ثلاثية رباعية الأقطاب مقترنة بـ LC ، من خلال جدولة واختيار نوافذ m / z. يعتمد تصميم اختبار MRM الجيد على توافر أطياف الببتيد من دراسات LC-MS / MS السابقة لمرحلة الاكتشاف. وقد حفز الجانب الممل المتمثل في التطوير والمعالجة يدويًا لمقايسات MRM التي تتضمن آلاف التحولات إلى تطوير أدوات برمجية لأتمتة هذه العملية. تم تطوير حزم البرمجيات لإدارة المشروع ، وتطوير المقايسة ، والتحقق من صحة الفحص ، وتصدير البيانات ، وتكامل الذروة ، وتقييم الجودة ، والتحليل الإحصائي الحيوي. لا توجد أداة واحدة توفر حلاً كاملاً وشاملاً ، وبالتالي تستعرض هذه المقالة الحالة الحالية وتناقش الاتجاهات المستقبلية لأدوات البرامج هذه من أجل تمكين الباحثين من الجمع بين هذه الأدوات من أجل سير عمل البروتينات المستهدفة الشاملة. حقوق النشر © 2013 المؤلفون. تم النشر بواسطة Elsevier Inc. جميع الحقوق محفوظة.

كولانجيلو ، كريستوفر إم تشونج ، ليزا بروس ، كان تشيونغ ، كي هوي

المراقبة الانتقائية أو متعددة التفاعلات (SRM / MRM) هي طريقة كروماتوجرافيا سائلة (LC) / قياس طيف الكتلة الترادفية (MS / MS) التي تمكن من تحديد كمية بروتينات معينة في عينة من خلال تحليل أيونات السليفة وشظايا أيوناتها المختارة الببتيدات التريبتيكية. تقدم برنامج الأجهزة إلى النقطة التي يمكن فيها قياس آلاف الانتقالات (أزواج من قيم m / z الأولية والثانوية) في أداة ثلاثية رباعية الأقطاب مقترنة بـ LC ، من خلال جدولة واختيار نوافذ m / z. يعتمد تصميم اختبار MRM الجيد على توافر أطياف الببتيد من دراسات LC-MS / MS السابقة لمرحلة الاكتشاف. وقد حفز الجانب الممل المتمثل في تطوير ومعالجة فحوصات MRM يدويًا التي تتضمن آلاف التحولات إلى تطوير أدوات برمجية لأتمتة هذه العملية. تم تطوير حزم البرمجيات لإدارة المشروع ، وتطوير المقايسة ، والتحقق من صحة الفحص ، وتصدير البيانات ، وتكامل الذروة ، وتقييم الجودة ، والتحليل الإحصائي الحيوي. لا توجد أداة واحدة توفر حلاً كاملاً وشاملاً ، وبالتالي تستعرض هذه المقالة الحالة الحالية وتناقش الاتجاهات المستقبلية لأدوات البرامج هذه من أجل تمكين الباحثين من الجمع بين هذه الأدوات من أجل سير عمل البروتينات المستهدفة الشاملة. PMID: 23702368

تاراغا ، خواكين بيريز ، ماريانو أوردونيا ، خوان إم دواتو ، خوسيه ميدينا ، إجناسيو دوبازو ، خواكين

يعاني تحليل مثيلة الحمض النووي من وقت معالجة طويل جدًا ، حيث أدى ظهور متواليات الجيل التالي إلى تحويل عنق الزجاجة للدراسات الجينومية من المتسلسلات التي تحصل على عينات الحمض النووي إلى البرنامج الذي يقوم بتحليل هذه العينات. لا يبدو أن البرنامج الحالي لتحليل المثيلة يتوسع بكفاءة لا مع حجم مجموعة البيانات ولا مع طول القراءات المراد تحليلها. نظرًا لأنه من المتوقع أن توفر أجهزة التسلسل قراءات أطول وأطول في المستقبل القريب ، يجب تطوير برنامج مثيلة فعال وقابل للتطوير. نقدم أداة برمجية جديدة ، تسمى HPG-Methyl ، والتي تحدد بكفاءة قراءة تسلسل ثنائي الكبريتيت على الحمض النووي ، وتحليل مثيلة الحمض النووي. تتكون الإستراتيجية المستخدمة بواسطة هذا البرنامج من الاستفادة من سرعة تحويل Burrows-Wheeler لرسم خريطة لعدد كبير من أجزاء الحمض النووي (تقرأ) بسرعة ، فضلاً عن دقة خوارزمية Smith-Waterman ، والتي يتم استخدامها حصريًا للتعامل مع القراءات الأكثر غموضًا وأقصرها. تُظهر النتائج التجريبية على الأنظمة الأساسية التي تحتوي على معالجات Intel متعددة النواة أن HPG-Methyl يتفوق بشكل كبير في كل من وقت التنفيذ والحساسية في البرامج الحديثة مثل Bismark أو BS-Seeker أو BSMAP ، خاصة بالنسبة لقراءات البيزولفيت الطويلة. برنامج على شكل مكتبات ووظائف لغة سي ، بالإضافة إلى تعليمات لترجمة وتنفيذ هذا البرنامج. متاح عن طريق sftp إلى [email protected] (كلمة المرور "مجهول"). [email protected] أو [email protected] © المؤلف 2015. نشرته مطبعة جامعة أكسفورد. كل الحقوق محفوظة. للحصول على الأذونات ، يرجى إرسال بريد إلكتروني إلى: [email protected]

راي مارتينيز ، خورخي باتوكاس-كاليتريو ، أنجيل ماتينو ، أوزيبي بيريز فرنانديز ، نيكولاس

قد يكون البرنامج المطور (HITCal) أداة مفيدة في تحليل وقياس استجابات اختبار نبضات رأس الفيديو (vHIT) ومع الخبرة المكتسبة أثناء استخدامه ، يقترح المؤلفون أن HITCal طريقة ممتازة لتحسين استكشاف مخرجات vHIT . لتطوير طريقة (برمجية) لتحليل واستكشاف استجابات vHIT ، بشكل أساسي saccades. تمت كتابة HITCal باستخدام برنامج تطوير حسابي ، تمت برمجة وظيفة الوصول إلى ملف vHIT ، وتم إنشاء أدوات استكشاف وقياس نبضات الرأس الممتدة ، وتم تطوير تحليل السكايد الآلي باستخدام خوارزمية تجريبية. بالنسبة لاختبارات مختبر HITCal قبل الإصدار ، تم إنشاء قاعدة بيانات لاختبارات اندفاع الرأس (HITs) مع البيانات التي تم جمعها بأثر رجعي في ثلاثة مراكز مرجعية. تم تقييم قاعدة بيانات HITs هذه من قبل البشر وتم حسابها أيضًا باستخدام HITCal. نجح المؤلفون في بناء HITCal وتم إصداره كبرنامج مفتوح المصدر ، وكان البرنامج المطور يعمل بكامل طاقته وتم دمج جميع الخصائص المقترحة في الإصدار الذي تم إصداره. تتوافق خوارزمية saccades الآلية المطبقة في HITCal جيدًا مع التقييم الذي أجراه المراقبون البشريون (معامل كابا كوهين = 0.7).

الخلفية إن دراسة وتحليل قياسات التعبير الجيني هي المحور الأساسي لعلم الجينوم الوظيفي. بمجرد توفر بيانات التعبير ، يواجه علماء الأحياء مهمة استخراج المعرفة (الجديدة) المرتبطة بالظاهرة البيولوجية الأساسية. في أغلب الأحيان ، من أجل أداء هذه المهمة ، يقوم علماء الأحياء بتنفيذ عدد من أنشطة التحليل على مجموعة بيانات التعبير الجيني المتاحة بدلاً من نشاط تحليل واحد. يمثل تكامل الأدوات ومصادر البيانات غير المتجانسة لإنشاء بيئة تحليل متكاملة مهمة صعبة وعرضة للخطأ. يتيح التكامل الدلالي تعيين معاني لا لبس فيها للبيانات المشتركة بين التطبيقات المختلفة في بيئة متكاملة ، مما يسمح بتبادل البيانات بطريقة متسقة وذات مغزى. يهدف هذا العمل إلى تطوير منهجية قائمة على الأنطولوجيا للتكامل الدلالي لأدوات تحليل التعبير الجيني ومصادر البيانات. تعتمد المنهجية المقترحة على موصلات البرامج ليس فقط لدعم الوصول إلى مصادر البيانات غير المتجانسة ولكن أيضًا لتعريف قواعد التحويل على البيانات المتبادلة. النتائج لقد درسنا التحديات المختلفة التي ينطوي عليها تكامل أنظمة الكمبيوتر والدور الذي تلعبه موصلات البرامج في هذه المهمة. لقد درسنا أيضًا عددًا من تقنيات التعبير الجيني وأدوات التحليل والأنطولوجيا ذات الصلة من أجل ابتكار سيناريوهات التكامل الأساسية واقتراح الأنطولوجيا المرجعية لمجال التعبير الجيني. بعد ذلك ، حددنا عددًا من الأنشطة والإرشادات المرتبطة بها لتوضيح كيفية تنفيذ تطوير الموصلات. أخيرًا ، قمنا بتطبيق المنهجية المقترحة في بناء ثلاثة سيناريوهات تكامل مختلفة تتضمن استخدام أدوات مختلفة لتحليل أنواع مختلفة من بيانات التعبير الجيني. الاستنتاجات: المنهجية المقترحة تسهل تطوير الموصلات القادرة على الدمج الدلالي لأدوات تحليل التعبير الجيني المختلفة

ميازاكي ، Flávia A Guardia ، Gabriela D A Vêncio ، Ricardo Z N de Farias ، Cléver R G

دراسة وتحليل قياسات التعبير الجيني هي المحور الأساسي لعلم الجينوم الوظيفي. بمجرد توفر بيانات التعبير ، يواجه علماء الأحياء مهمة استخراج المعرفة (الجديدة) المرتبطة بالظاهرة البيولوجية الأساسية. في أغلب الأحيان ، من أجل أداء هذه المهمة ، يقوم علماء الأحياء بتنفيذ عدد من أنشطة التحليل على مجموعة بيانات التعبير الجيني المتاحة بدلاً من نشاط تحليل واحد. يمثل تكامل الأدوات غير المتجانسة ومصادر البيانات لإنشاء بيئة تحليل متكاملة مهمة صعبة وعرضة للخطأ. يتيح التكامل الدلالي تعيين معاني لا لبس فيها للبيانات المشتركة بين التطبيقات المختلفة في بيئة متكاملة ، مما يسمح بتبادل البيانات بطريقة متسقة وذات مغزى. يهدف هذا العمل إلى تطوير منهجية قائمة على الأنطولوجيا للتكامل الدلالي لأدوات تحليل التعبير الجيني ومصادر البيانات. تعتمد المنهجية المقترحة على موصلات البرامج ليس فقط لدعم الوصول إلى مصادر البيانات غير المتجانسة ولكن أيضًا لتعريف قواعد التحويل على البيانات المتبادلة. لقد درسنا التحديات المختلفة التي ينطوي عليها تكامل أنظمة الكمبيوتر والدور الذي تلعبه موصلات البرامج في هذه المهمة. لقد درسنا أيضًا عددًا من تقنيات التعبير الجيني وأدوات التحليل والأنطولوجيات ذات الصلة من أجل ابتكار سيناريوهات التكامل الأساسية واقتراح الأنطولوجيا المرجعية لمجال التعبير الجيني. بعد ذلك ، حددنا عددًا من الأنشطة والإرشادات المرتبطة بها لتوضيح كيفية تنفيذ تطوير الموصلات. أخيرًا ، قمنا بتطبيق المنهجية المقترحة في بناء ثلاثة سيناريوهات تكامل مختلفة تتضمن استخدام أدوات مختلفة لتحليل أنواع مختلفة من بيانات التعبير الجيني. تسهل المنهجية المقترحة تطوير الموصلات القادرة على الدمج اللغوي لأدوات تحليل التعبير الجيني المختلفة ومصادر البيانات. ال

أينسبري ، إليزابيث أ فينيكوف ، فولوديمير بويج ، بيدرو مازنيك ، ناتاليا روثكام ، كاي لويد ، ديفيد سي

اقترح عدد من المؤلفين أن نهج بايز قد يكون هو الأنسب لتحليل بيانات قياس جرعات الإشعاع الوراثي الخلوي. في إطار عمل بايز ، يتم وصف احتمالية وقوع حدث من حيث التوقعات السابقة وعدم اليقين. يتم استخدام المعلومات الموجودة سابقًا أو السابقة بالاقتران مع النتائج التجريبية لاستنتاج الاحتمالات أو احتمالية صحة الفرضية. لقد ثبت أن نهج بايز يزيد من دقة وتأكيد جودة تقديرات جرعة الإشعاع. تم تطوير برنامج جديد بعنوان CytoBayesJ بهدف جلب تحليل Bayesian إلى ممارسة مختبر القياس الحيوي الوراثي الخلوي. تأخذ CytoBayesJ عددًا من طرق Bayesian أو "Bayesian like" التي تم اقتراحها في الأدبيات وتقدمها للمستخدم في شكل أدوات بسيطة سهلة الاستخدام ، بما في ذلك اختبار النموذج الأنسب لتوزيع الانحرافات الصبغية وحسابات توزيعات الاحتمالية اللاحقة. يتم وصف الأدوات الفردية بالتفصيل ويتم تقديم أمثلة ذات صلة باستخدام الأساليب وأدوات برنامج CytoBayesJ المقابلة. وبهذه الطريقة ، يتم تسليط الضوء على ملاءمة نهج بايز لقياس جرعات الإشعاع البيولوجي وتشجيع تطبيقه الأوسع من خلال توفير واجهة برمجية سهلة الاستخدام ودليل باللغتين الإنجليزية والروسية. حقوق النشر © 2013 Elsevier B.V. جميع الحقوق محفوظة.

سوليرنو ، ألبرت هانسون ، بنيامين إس ريتشاردسون ، روبن إيه ويلش ، روبرت ريد ، دانيال جي هارلين ، أوليفر جي هاريس ، سارة أ

تحليل العناصر المحدودة المتقلبة (FFEA) عبارة عن حزمة برامج مصممة لأداء محاكاة ميكانيكا متصلة للبروتينات والجزيئات الكروية الأخرى. فهو يجمع بين طرق العناصر المحدودة التقليدية والضوضاء الحرارية العشوائية ، وهو مناسب لمحاكاة البروتينات الكبيرة ومجمعات البروتين في النطاق المتوسط ​​(مقاييس الطول في نطاق 5 نانومتر إلى 1 ميكرومتر) ، حيث يوجد حاليًا ندرة في أدوات النمذجة. يتطلب معلومات حجمية ثلاثية الأبعاد كمدخلات ، والتي يمكن أن تكون معلومات هيكلية منخفضة الدقة مثل خرائط التصوير المقطعي بالإلكترون بالتبريد (cryo-ET) أو إحداثيات ذرية عالية الدقة يمكن من خلالها استخراج المعلومات الحجمية. في هذه المقالة نقدم حزمة البرامج مفتوحة المصدر الخاصة بنا لإجراء عمليات محاكاة FFEA التي أصدرناها بموجب ترخيص GPLv3. تتضمن حزمة البرامج تطبيق C ++ لـ FFEA ، جنبًا إلى جنب مع أدوات لمساعدة المستخدم على إعداد النظام من بنك بيانات المجهر الإلكتروني (EMDB) أو ملفات بيانات بنك بيانات البروتين (PDB). نوفر أيضًا مكونًا إضافيًا لـ PyMOL لإجراء التصور الأساسي وأدوات Python الإضافية لتحليل مسارات محاكاة FFEA. توفر هذه المخطوطة خلفية أساسية لطريقة FFEA ، وتصف تنفيذ النموذج الميكانيكي الأساسي وكيف يتم تضمين التفاعلات بين الجزيئات وبيئة المذيبات في هذا الإطار. نحن نقدم لمستخدمي FFEA المحتملين نظرة عامة عملية حول كيفية إعداد محاكاة FFEA مع الإشارة إلى البرامج التعليمية والأدلة المتاحة للجمهور على الإنترنت والتي تصاحب هذا الإصدار الأول من الحزمة.

تحليل العناصر المحدودة المتقلبة (FFEA) عبارة عن حزمة برامج مصممة لأداء محاكاة ميكانيكا متصلة للبروتينات والجزيئات الكروية الأخرى. فهو يجمع بين طرق العناصر المحدودة التقليدية والضوضاء الحرارية العشوائية ، وهو مناسب لمحاكاة البروتينات الكبيرة ومجمعات البروتين في النطاق المتوسط ​​(مقاييس الطول في نطاق 5 نانومتر إلى 1 ميكرومتر) ، حيث يوجد حاليًا ندرة في أدوات النمذجة. يتطلب معلومات حجمية ثلاثية الأبعاد كمدخلات ، والتي يمكن أن تكون معلومات هيكلية منخفضة الدقة مثل خرائط التصوير المقطعي بالإلكترون بالتبريد (cryo-ET) أو إحداثيات ذرية عالية الدقة يمكن من خلالها استخراج المعلومات الحجمية. في هذه المقالة نقدم حزمة البرامج مفتوحة المصدر الخاصة بنا لإجراء عمليات محاكاة FFEA التي أصدرناها بموجب ترخيص GPLv3. تتضمن حزمة البرامج تطبيق C ++ لـ FFEA ، جنبًا إلى جنب مع أدوات لمساعدة المستخدم على إعداد النظام من بنك بيانات المجهر الإلكتروني (EMDB) أو ملفات بيانات بنك بيانات البروتين (PDB). نوفر أيضًا مكونًا إضافيًا لـ PyMOL لإجراء التصور الأساسي وأدوات Python الإضافية لتحليل مسارات محاكاة FFEA. توفر هذه المخطوطة خلفية أساسية لطريقة FFEA ، وتصف تنفيذ النموذج الميكانيكي الأساسي وكيف يتم تضمين التفاعلات بين الجزيئات وبيئة المذيبات في هذا الإطار. نحن نقدم لمستخدمي FFEA المحتملين نظرة عامة عملية حول كيفية إعداد محاكاة FFEA مع الإشارة إلى البرامج التعليمية والأدلة المتاحة للجمهور عبر الإنترنت التي تصاحب هذا الإصدار الأول من الحزمة. PMID: 29570700

تم عقد ورشة عمل لتقييم حالة أدوات برامج الأنظمة المدمجة ولتحديد اتجاهات تطوير الأداة. يتم تقديم ملخص للحديث والأرقام الرئيسية لكل عرض تقديمي لورشة العمل ، بالإضافة إلى ملخصات الرؤساء. غطت العروض التقديمية أربعة مجالات رئيسية: (1) الأدوات وبيئة البرمجيات (التطوير والاختبار) (2) الأدوات ومتطلبات البرامج والتصميم والمواصفات (3) الأدوات ومعالجات اللغة و (4) الأدوات والتحقق والتحقق (التحليل. والاختبار). يتم وصف وتقييم فائدة ومساهمة الأدوات الحالية ونتائج البحث لتطوير واختبار برامج أنظمة الحوسبة المضمنة.

بزروك ، وأليش فيالا ، وزدينيك كوتينجوفا ، ونكا كروليتشوفا ، وإيفا سيلكي كوبينا ، ومونيكا فافروفا ، وكاتشينا

تشكل تجارب نفاذ الجلد والأغشية خطوة مهمة في تطوير تركيبة عبر الجلد أو موضعية أو تقييم مخاطر السموم. تعتمد الطريقة القياسية لتحليل هذه البيانات على الجزء الخطي من ملف تعريف التخلل. ومع ذلك ، من الصعب التحديد بشكل موضوعي متى يصبح الملف الشخصي خطيًا ، أو قد تكون مدة التجربة غير كافية للوصول إلى أقصى حالة أو حالة ثابتة. هنا ، نقدم أداة برمجية لتحليل بيانات نفاذ الجلد والأغشية ، SAMPA ، وهي سهلة الاستخدام وتتغلب على العديد من هذه الصعوبات. تم التحقق من صحة طريقة وبرمجيات SAMPA في بيانات نفاذية في المختبر وفي الجسم الحي على جلد الإنسان والخنازير والفئران وأغشية شحمية نموذجية من الطبقة القرنية باستخدام مركبات تتراوح من الهيدروكربونات العطرية متعددة الحلقات عالية الدهون إلى عقار مضاد للفيروسات عالي المحبة للماء ، مع أو بدون نفاذية. معززات. تمت مقارنة أداء SAMPA بالطريقة القياسية باستخدام جزء خطي من ملف تعريف الاختراق ونموذج رياضي معقد. SAMPA هي أداة برمجية سهلة الاستخدام ومفتوحة المصدر لتحليل البيانات التي تم الحصول عليها من تجارب نفاذ الجلد والغشاء. يتم تشغيله على نظام Microsoft Windows وهو متاح مجانًا كملف دعم لهذه المقالة. حقوق النشر © 2017 Elsevier Ltd. جميع الحقوق محفوظة.

تتعامل المناهج العقلانية الخلفية للهندسة الأيضية (ME) مع تحديد التعديلات التي تعمل على تحسين قدرات إنتاج الميكروبات للمركبات المستهدفة. أحد التحديات الرئيسية الناتجة عن خوارزميات تحسين الإجهاد المستخدمة في مشكلات ME هذه هو تفسير التغييرات التي تؤدي إلى فائض إنتاج معين. في كثير من الأحيان ، تؤدي الضربة القاضية لجين واحد إلى إحداث تغييرات في تدفقات العديد من التفاعلات ، مقارنة بالنوع البري ، وبالتالي يصعب تقييم الاختلافات الفسيولوجية للطفرات في السيليكو. يتفاقم هذا بسبب حقيقة أن نماذج مقياس الجينوم في حد ذاتها يصعب تصورها ، نظرًا للعدد الكبير من التفاعلات والمستقلبات المعنية. النتائج نقدم أداة برمجية ، تحليل الشبكة الطوبولوجي لـ OptFlux (TNA4OptFlux) ، وهو مكون إضافي يضيف إلى منصة ME مفتوحة المصدر OptFlux القدرة على إنشاء وتنفيذ التحليل الطوبولوجي عبر شبكات التمثيل الغذائي. تتمثل إحدى المزايا الرئيسية للأداة في إمكانية استخدام هذه الأدوات في تحليل ومقارنة الأنماط الظاهرية المحاكاة ، أي تلك التي تأتي من نتائج خوارزميات تحسين الإجهاد. نوضح إمكانيات الأداة من خلال استخدامها للمساعدة في تفسير سلالتين من الإشريكية القولونية المصممة في OptFlux للإفراط في إنتاج السكسينات والجليسين. الاستنتاجات إلى جانب إضافة وظائف جديدة إلى أداة برنامج OptFlux فيما يتعلق بالتحليل الطوبولوجي ، تسهل طرق TNA4OptFlux إلى حد كبير تفسير استراتيجيات ME غير البديهية عن طريق أتمتة المقارنة بين شبكات التمثيل الغذائي المضطربة وغير المضطربة. المكون الإضافي متاح على موقع الويب http://www.optflux.org ، إلى جانب الوثائق الشاملة. PMID: 23641878

بوزولو ، جييرمو مورس ، جيفري أ.نوبي ، رونالد دي أبيل ، فيليب ب.

تم تطوير مجموعة من برامج النمذجة الذرية ، تسمى Alloy Design Workbench ، من قبل مجموعة المواد الحاسوبية في مركز أبحاث ناسا جلين ومعهد أوهايو للفضاء (OAI). الهدف الرئيسي من هذا البرنامج هو توجيه جهود البحث والتطوير في المواد التجريبية وزيادتها من خلال إنشاء برنامج قوي ، ولكنه بديهي ، يجمع بين واجهة مستخدم رسومية وكود تشغيل مناسب للمحاكاة الذرية في الوقت الفعلي لأنظمة السبائك متعددة المكونات. تستهدف التجريبين ، الواجهة مباشرة وتتطلب الحد الأدنى من المعرفة بالنظرية الأساسية ، مما يسمح للباحثين بالتركيز على الجوانب العلمية للعمل. العنصر المركزي في مجموعة Alloy Design Workbench هو وحدة أدوات adw ، والتي تركز على التحليل الذري للأسطح والسبائك السائبة التي تحتوي على عدد تعسفي من العناصر. وحدة إضافية ، adwParams ، تتعامل مع إدخال ab initio للمعلمات المستخدمة في أدوات adw. تشمل الوحدات المستقبلية المخطط لها للجناح adwSeg ، والتي ستوفر تنبؤات عددية لملفات تعريف الفصل لأسطح السبائك والواجهات ، وتقرير adwR ، الذي سيكون بمثابة نافذة في قاعدة البيانات ، مما يوفر وصول الجمهور إلى بيانات المعلمات ومستودع حيث يمكن للمستخدمين الإرسال النتائج التي توصلوا إليها من بقية المجموعة. تم تصميم المجموعة بأكملها للتشغيل على أجهزة كمبيوتر بحجم سطح المكتب. تتضمن وحدة أدوات adw رمز فورتران المخصص الذي تم تطويره بواسطة OAI / Glenn استنادًا إلى طريقة BFS (Bozzolo- Ferrante-Smith) للسبائك ، المرجع. 1). في قلب المجموعة ، يتم استخدام هذا الرمز لحساب الطاقة من التكوينات والتكوينات المختلفة للذرات.

يستخدم برنامج تكنولوجيا حل عنصر الحدود للأغراض العامة (GPBEST) طريقة العنصر الحدودي لتحليل الهندسة الميكانيكية ، بدلاً من العنصر المحدد. ووفقًا لأحد مطوريها ، فهي أسرع 10 مرات في إعداد البيانات وأكثر دقة من الطرق الأخرى. ينتج عن استخدامه منتجات أقل تكلفة لأنه يتم اختصار الوقت بين التصميم والتصنيع. مشتق تجاري من كود كمبيوتر طورته وكالة ناسا ، يتم تسويقه بواسطة شركة Best Corporation لحل المشكلات في تحليل الإجهاد ونقل الحرارة وتحليل السوائل وإنتاج المواد الصلبة وتكسيرها. تشمل التطبيقات الأخرى تصميم الجرار وقطع غيار السيارات والأجهزة المنزلية والتحليل الصوتي.

على مر السنين ، تم تطوير العديد من التخصصات الهندسية ، بما في ذلك المواد الكيميائية والإلكترونية وما إلى ذلك. ومن الشائع في جميع التخصصات الهندسية استخدام الدقة والنماذج والمقاييس والمنهجيات المحددة مسبقًا. في الآونة الأخيرة ، ظهر تخصص هندسي جديد على الساحة ، يسمى هندسة البرمجيات. لأكثر من ثلاثين عامًا ، تم تطوير برامج الكمبيوتر ولم يكن سجل الإنجازات جيدًا. Software development projects often miss schedules, are over budget, do not give the user what is wanted, and produce defects. One estimate is there are one to three defects per 1000 lines of deployed code. More and more systems are requiring larger and more complex software for support. As this requirement grows, the software development problems grow exponentially. It is believed that software quality can be improved by applying engineering principles. Another compelling reason to bring the engineering disciplines to software development is productivity. It has been estimated that productivity of producing software has only increased one to two percent a year in the last thirty years. Ironically, the computer and its software have contributed significantly to the industry-wide productivity, but computer professionals have done a poor job of using the computer to do their job. Engineering disciplines and methodologies are now emerging supported by software tools that address the problems of software development. This paper addresses some of the current software engineering methodologies as a backdrop for the general evaluation of computer assisted software engineering (CASE) tools from actual installation of and experimentation with some specific tools .

James, Jeffrey M. Sanderson, Penelope M. Seidler, Karen S.

As modern transport environments become increasingly complex, issues such as crew communication, interaction with automation, and workload management have become crucial. Much research is being focused on holistic aspects of social and cognitive behavior, such as the strategies used to handle workload, the flow of information, the scheduling of tasks, the verbal and non-verbal interactions between crew members. Traditional laboratory performance measures no longer sufficiently meet the needs of researchers addressing these issues. However observational techniques are better equipped to capture the type of data needed and to build models of the requisite level of sophistication. Presented here is SHAPA, an interactive software tool for performing both verbal and non-verbal protocol analysis . It has been developed with the idea of affording the researchers the closest possible degree of engagement with protocol data. The researcher can configure SHAPA to encode protocols using any theoretical framework or encoding vocabulary that is desired. SHAPA allows protocol analysis to be performed at any level of analysis , and it supplies a wide variety of tools for data aggregation, manipulation. The output generated by SHAPA can be used alone or in combination with other performance variables to get a rich picture of the influences on sequences of verbal or nonverbal behavior.

Hunt, Allen R. Foreman, William

AKELA has developed a software tool which uses a systems analytic approach to model the critical processes which support the acquisition of biological and chemical weapons by terrorist organizations. This tool has four major components. The first is a procedural expert system which describes the weapon acquisition process. It shows the relationship between the stages a group goes through to acquire and use a weapon, and the activities in each stage required to be successful. It applies to both state sponsored and small group acquisition. An important part of this expert system is an analysis of the acquisition process which is embodied in a list of observables of weapon acquisition activity. These observables are cues for intelligence collection The second component is a detailed glossary of technical terms which helps analysts with a non- technical background understand the potential relevance of collected information. The third component is a linking capability which shows where technical terms apply to the parts of the acquisition process. The final component is a simple, intuitive user interface which shows a picture of the entire process at a glance and lets the user move quickly to get more detailed information. This paper explains e each of these five model components.

The Toxicity Estimation Software Tool (TEST) was developed to allow users to easily estimate the toxicity of chemicals using Quantitative Structure Activity Relationships (QSARs) methodologies. QSARs are mathematical models used to predict measures of toxicity from the physical c.


شاهد الفيديو: تحويل ملفات إكسل إلى صيغة سي إس في دون تحول الحروف العربية إلى علامات استفهام (شهر اكتوبر 2021).